喜讯 | 智峪生科团队在小分子算法上再获佳绩- 大数跨境

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喜讯 | 智峪生科团队在小分子算法上再获佳绩

智峪生科

2023-01-09

导读：祝贺智峪生科团队获得药物分子蛋白结合能力预测一等奖！

智峪生科小分子团队在首届“兴智杯”全国人工智能创新应用大赛中的行业赋能-药物分子蛋白结合能力预测专题赛中斩获一等奖。该算法了体现了智峪生科在小分子算法开发领域的长期积累，并将极大赋能药物研发和合成生物学酶设计领域。

“兴智杯”全国人工智能创新应用大赛由工业和信息部、科学技术部、深圳市人民政府共同主办，旨在进一步激发创新活力，促进人工智能核心技术突破和产业生态建设，推动人工智能与实体经济深度融合。本次行业赋能-药物分子蛋白结合能力预测专题赛旨在推动人工智能在药物筛选中的应用。

新药研发周期长、成本高是长期以来制约生物医药领域加速创新发展的难题。据统计，一款药物从立项到上市平均需要投入10亿美金并耗时10年左右，其中药物分子筛选是难度最大、费时最长的环节。近年来研究表明,采用人工智能算法设计药物筛选分子蛋白结合打分函数，可克服传统FEP或者MMGBSA等自由能计算方法存在的计算成本高昂、精度与速度平衡困难等痛点，加速在庞大分子空间中（～10⁸⁰）找到对应高活性分子的进程，提高药物分子筛选效率，加快新药试验进程。

智峪生科主导的智能分子团队（团队编号2304），参加了行业赋能-药物分子蛋白结合能力预测专题赛，最终在决赛中取得一等奖并受邀在行业赋能专题赛颁奖典礼暨人工智能行业高峰论坛中作为获奖团队代表作专题报告。智峪生科团队此次采用的主要模型是DeepRMSD^[1]，该算法由智峪生科团队领衔开发，并于2022年12月发表在了国际顶级生物信息学期刊（Briefings in Bioinformatics, IF=13.994）上。基于范德华和静电相互作用对蛋白质-小分子相互作用进行表征，结合深度神经网络实现对小分子构象偏差（RMSD）与蛋白质侧链Chi角的预测。本次比赛的训练集和测试集是深势科技FEP团队自制的万级别小分子蛋白复合物体系数据集，DeepRMSD模型在测试集上实现的准确度为0.547，相比于baseline结果0.31提高了76.5%，这表明DeepRMSD在其它数据集中仍具备优异的性能。智峪生科开发的小分子算法可以同时支持新药研发（为客户提供计算服务）和酶-底物的构效关系研究，并在多个内部合成生物学自研管线的酶发现和酶工程改造上有了广泛的应用，同时该算法将上线智峪生科峪云Zcloud计算平台。

来源：兴智杯

参考文献：

[1] Wang, Z., Zheng, L., Wang, S., Lin, M., Wang, Z., Kong, A.W.K., Mu, Y., Wei, Y. and Li, W. A fully differentiable ligand pose optimization framework guided by deep learning and traditional scoring functions. Briefings in bioinformatics, bbac520 (2022). doi: https://doi.org/10.1093/bib/bbac520

关于智峪生科

上海智峪生物科技有限公司成立于2021年，由来自国内外知名学府及工业界经验丰富的大分子结构预测与设计以及合成生物学团队发起，主营业务包括大分子（包括：蛋白、RNA等）结构计算、设计及改造服务；合成生物学相关元件、产品的设计和生产。公司具有业内极具竞争力的AI技术水平和合成生物学产业能力，通过AI不断拓展生物科技边界，通过已知数据挖掘未知领域，通过设计工具从无到有创造，赋能合成生物学DBTL各个环节从而达到降本增效，推动医疗健康、农业、食品、消费、化工等行业共同发展。关于智峪生科的更多信息，请访问https://www.zelixir.com。

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