地球上爆发了一场可怕的瘟疫。没人知道它从何而来，也没人知道要如何控制它，医生和科学家都束手无策。而与此同时，人类科技探索的最前沿，在海底的最深处，被称为Dept. H的基地内，发生了一桩谋杀案。
水下科学探索与研究机构决定找人进入海底基地去调查这桩事件的真相，因为他们认为这不单单是一件谋杀案，而是一次对科研活动的恶意破坏，他们认为这背后有一个阴谋。这个人需要足够聪明，足够理智，也有足够的背景知识可以理解事情的原委。
他们找到了米亚。她的父亲一手建立这个海底基地，她从小跟在父亲身边，积攒了丰富的科学研究经验，性格坚忍，头脑灵活，心里所想的远多于她说出口的。更重要的是，她有强烈的寻找出真相的动力：谋杀案的被害者正是她的父亲。她乘着潜水器，潜入了海底。
这座与世隔绝的海底基地里有七个人，她和大部分人都或多或少有过交集，里面有她很久未见的哥哥，有从小一起长大却日渐疏远的童年玩伴，还有他父亲最忠实的战友。这是他父亲哈利最核心的研究团队。正是这个团队里出现了一个背叛者。
机构认为有人在搞破坏，但海底的其他人却认为这应该是一场意外。米亚相信眼见为实，她穿着深海潜水服去往现场，但正如其他人所言，爆炸炸毁了哈利所在的实验室，一切都被海水淹没了。她看到了在沉在海底的破铜烂铁，散落的研究材料，还有悬浮在海中的父亲的尸体。
米亚用摄像头录下了一切，基地内的人用一种近乎警戒的态度迎接她的归来。这里弥漫着一种古怪的氛围，他们似乎每个人都有秘密要隐藏，而且不约而同地不希望她发现真相。
但比真相更早到来的是意外。就在她要将影像资料上传到海面让机构进行分析的时候，他们与上方的通讯被切断了，然后是足以毁坏基地结构的剧烈爆炸，海水从四面八方涌入，他们不得不退居到仅存的几处安全地带，想办法把水堵在外面。
在生死存亡之际，真相好像突然变得不再重要，活下来变成了更首要的任务，他们要想办法与海面联系，并做一个艰难的决定：是否要放弃哈利的心血，这座重要的科研地基。
除了米亚。在这样的困境之下，她依然试图找出真相，因为她是一个不知道什么时候该放弃的人。
海面七英里之下，百万吨海水下的密室之内，只有这七个人，其中一个是凶手。
《Dept.H》的作者Matt Kindt擅长把不同元素融合在一起，为他树立起优秀漫画作者形象的前一部长篇作品《MIND MGMT》（记忆管理）中，主人公是一个战后的通灵间谍，而负责事件调查的是一个犯罪小说家。这一回的《Dept.H》则显然把科幻、灾难和恐怖片糅合到了一起。
他与画师Sharlene Kindt一起创造一个点了一条不同科技树的未来：所有的设备都大量融入了仿生科技，材质却像是从蒸汽朋克时代拿来的。海底基地看起来像是生长出来的细胞，潜水服像是用错了素材的怪兽。甚至连书页边上用来表示出版进度的都是看起来很老派的深度计。
他们也创造了一个奇诡未知的海底世界：彩色的水母和珊瑚，海底最深处有长着触手的巨型生物，还有沉尸海底，再也没有离开过的探险者。当米亚为了寻找哥哥，跟着隐隐传来的人声走入无人进入过的海底洞穴，却发现发出人声的是爬满洞壁的海蜘蛛，简直让人背后直冒冷汗，差点以为这是一本恐怖漫画。
她的父亲太忙了，忙得顾不上家庭。她的母亲感染病毒倒下，她自己则因为父亲对太空的背弃而与他分道扬镳，但科研对她父亲而言太过重要，谁的离开都无法停下他的脚步。
