厌氧UASB的启动主要包括：反应器的启动（接种）阶段、初始运行阶段、颗粒污泥的出现阶段、颗粒污泥的培养阶段四个阶段。
一、启动阶段
选用污水厂污泥消化池的消化污泥接种（具有一定的产甲烷活性）。
方法：将含固80%的接种污泥加水搅拌后，均匀倒入到UASB反应池。
接种污泥量：接种污泥量为UASB反应器的有效容积的30%到50%，最少15%，一般为30%。接种污泥的填充量不超过UASB反应器的有效容积的60%。
接种污泥的浓度：初启动时，稀型污泥的接种量为20到30kgVSS/m³, 浓度小于40kgVSS/m³的稠型硝化污泥接种量可以略小些。
亦有建议以6-8kgVSS/m³为宜，因为消化污泥一般为絮状体，不宜接种太多，太对了对颗粒污泥不但没有好出，反而不利，种泥即污泥种的意思，种泥太多事没有必要的，颗粒污泥并非是种泥本身形成的，而是以种泥为种子，在提供充足的营养基质下由新繁殖的微生物形成，种泥多了，反而会与初生得颗粒污泥争夺养分，不利于颗粒污泥的形成。
配制低浓度的废水有利于颗粒污泥的形成，但浓度也应当足够维持良好的细菌生长条件，因此，初始配水最低CODcr浓度为2000mg/L，然后逐步提高有机负荷直到可降解的CODcr去除率达到80%为止。
当进水CODcr浓度高时，可采用稀释水进水,调节到适宜的CODcr浓度值。
二、初始运行（估计30天）
初始阶段是指反应器负荷低于2kgCODcr/m³·d的运行阶段，此阶段反应器的负荷由0.1kgCODcr/m³·d开始，逐步分多次提升到2kgCOD/m³·d。
开始采用间歇进水，污泥负荷宜控制在0.05-0.2kgCODcr/(KgVss·d),当接种污泥逐渐适应废水后，污泥逐渐具有除去有机物的能力，当CODcr去除率达到80%，或出水有机酸浓度低于200-300mg/L,可以提升进水负荷大约为0.5kgCODcr/m³· d，此时进水由间歇进水改为连续进水。
提升CODcr浓度标准为:当可生物降解的CODcr去除率达到80%后方可提高，直到达2kgCOD/m³·d为初始阶段。
在这段运行中，有少量的非常细小的分散污泥带出，其主要原因是水的上流速度和逐渐产生的少量沼气
三、颗粒污泥出现（约25天）
结束初始运行阶段后，逐步提升系统的有机负荷使反应器的有机负荷由2kgCOD/m³· d提升到到3.0kgCOD/m³·d。每次以0.1kgCOD/m³·d有机负荷提升，也可以每次负荷增加20%，每次操作所需时间长短不同，有时可长达两周，有时仅几天，经过多次重复操作可达到设计指标。
但提升有机负荷的标准与监测项目判断运行正常的方法同初始运行阶段。
在这段运行中，由于提升水量大，COD浓度高，产气量和上流速度的增加引起污泥膨胀，污泥量带出量多，大多为细小非分散的污泥或部分絮状污泥。这种污泥的带出，有利于颗粒化污泥的形成。
四、颗粒污泥的培养（约30天）
这一阶段是指反应器的有机负荷达到设计指标3.0kgCOD/m³·d以后的稳定运行阶段。在这段的运行中，PH值、温度、有机负荷、VFA、ALK等各项操作参数严格控制，逐步形成颗粒污泥。
