大数跨境

作一个漂亮的外泌体浓度粒径图的正确方式

作一个漂亮的外泌体浓度粒径图的正确方式 云南泽浩
2020-04-27
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导读:Dr.Cell实验室在检测外泌体NTA,提供NTA检测报告时,经常会被问到:你们可以提供文献中的粒径图么?文












Dr.Cell实验室在检测外泌体NTA,

提供NTA检测报告时,

经常会被问到:

你们可以提供文献中的粒径图么?

文献中的粒径图怎么作的?……

今天就和小编一起来Get新技能,

学习怎么用Origin软件绘制出文献中NTA粒径图!

 获得数据

01


Dr.Cell实验室检测外泌体NTA会提供完整的数据,每个样本每检测一次,将得到以下5个文件(一个样本将至少检测3次,所以一个样本会有3组如下数据)。


①均视频档:记录颗粒的布朗运动状态

②检测报告:PDF(下文中有详细解读说明)

③原始数据:记录检测过程中仪器的温度、电导率等参数,以及原始数据

④检测说明:记录11个位点的检测情况

⑤原始文件:可通过ZetaView软件打开

 制图 

02


获得以上5个文件后,我们将用文档③中原始数据进行作图,取“Size Distribution”至 “-1 -1 -1 -1” 之间的数据直接将数据复制至Origin软件工作表中图1)

▲【图1】

图1中C列中“E+6”无意义,直接去掉。选中A与C列,右键点击Plot→Line→Line,得到粒径浓度图(图2)。

▲【图2】

 调整参数 

03


得到粒径图后,需要调整数据参数,首先要双击粒径图中纵坐标,弹出“Y Axis”框,“Display”选择“Scientific:1E3”(图3)。

▲【图3】

点击“Scale”,“From”选项可以调整为“0”,也可以不调整。“Increment”调整纵坐标单位刻度,此例中调整为“50000”(图4)。

▲【图4】

▲【调整纵坐标后的粒径图】

接下来调整横坐标,双击横坐标刻度数值后,点击“Scale”,“From”选项可以调整为“0”,也可以不调整。“To”选项可以调成“600-1000”,“Increment”调整纵坐标单位刻度,此例中调整为“100”(图5)。

▲【图5】

▲【全部调整完后的粒径浓度图 】

 平滑处理 

04


调整完参数后,得到一个新的粒径图,这只是原始图,仍需要对其进行平滑处理,得到最终想要的结果。

点击菜单栏中“Analysis”,“Signal processing”,“Smooth”,选择“Open Dialog”(图6)。

▲【图6】

弹出框“Output”选项选择“XY = input XY”, 即在原图上直接调整图7)

其中“Points of Window”是调整平滑度的,一般可以不用调整,数字越大越失真。

▲【图7】

▲【调整后的粒径图】

继续双击峰图跳出“Plot Details”可调整峰图颜色、线条、宽度等图8)

▲【图8】

全部调整完,就是最终在文献中的出现的粒径图了。

▲【最终粒径图】

▲【文献中的粒径图 (ref.1) 

温馨小提示

由于软件用的Origin9存在bug,

坐标轴刻度线未展示。

希尔博士推荐科研小伙伴们可以选择用Origin8 。

同学们学会了吗?

如果还有不明白的地方,
可以在下方留言,
申请完整教程视频哦~!

Reference


  1. Zhang.S et al . Exosomes derived from human embryonic mesenchymal stem cells promote osteochondral regeneration. Osteoarthritis and Cartilage 2016,11:2135-2140.

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