为了进一步促进KASP技术在水稻基因分型上的应用，提高KASP位点在水稻基因组上的覆盖度，科研人员对尼泊尔境内的9个籼稻品系进行了重测序并鉴定出250万个多态性位点。基于这些多态性位点，研究人员设计出130万个潜在的KASP检测点（含9万多个功能性标记），这使可选择的KASP标记增加了650倍，密度达到每kb区域内3.1个。
水稻基因组开发前后的标记数目对比
Fig. 1Distribution of previously existing rice KASP markers polymorphic between each rice line and the indica reference genome. Rows represent the chromosomes, subdivided into the different lines in the order indicated on chromosome 12 (from top to bottom: IR64, IR71033, IR65482, Sunaulo Sugandha, Anamol Masuli, Khumal-4, IRBB-60, Loktantra, Sugandha-1) and columns the physical position. Each cell represents an interval of 0.5 Mbp
Fig.2 Distribution of potential new KASP markers polymorphic between each rice line and the indica reference. Rows represent the chromosomes, subdivided into the different lines in the order indicated on chromosome 12 (from top to bottom: IR64, IR71033, IR65482, Sunaulo Sugandha, Anamol Masuli, Khumal-4, IRBB-60, Loktantra, Sugandha-1) and columns the physical position. Each cell represents an interval of 0.5 Mbp
随着二代测序技术的不断发展，大大促进了单核苷酸多态性（SNP）标记的发现。SNP标记已成为新一代分子标记技术的代表。鉴于SNP具有分布密度高、遗传稳定性好、二等位基因型等特点，易实现高通量的自动化。故英国LGC公司开发的高通量KASP基因分型技术已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。KASP（Kompetitive Alell Specific PCR）——竞争性等位基因特异性PCR，该技术是基于两条竞争性引物3’末端碱基差异来特异性匹配模板，最终对SNP和InDels进行分型和检测。
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