揭秘 PacBio 测序中的专业术语
HIFI 原理与表现
HIFI 数据表现
这是人类基因组DNA样品构建的15kb长度文库下机数据结果。HIFI 平均读长 15kb。
文库结构 SMRTbell
SMRTbell 哑铃型结构 —— 双链DNA 两端会连接上发夹结构的接头（Adapter）
Polymerase Reads / Subreads / CCS Reads / HIFI Reads
1
Polymerase Read
Polymerase read —— 在有效ZMW孔中，由聚合酶合成的核苷酸序列。仅含高质量（HQ） 区域，包括接头序列和文库序列。
2
Subreads
Subreads —— 去除接头分子后的文库序列。
3
CCS Reads
CCS reads —— 由每个ZMW 孔内产生的 Subreads 所生成的一致性序列 （Circular Consensus Sequencing reads）。
4
HiFi Reads
HIFI reads —— 准确率≥Q20的CCS reads。
什么是 P0/P1/P2 ？
目前用于Revio的SMRT Cell测序芯片，具有2500万个ZMW孔；
Sequel II/IIe的SMRT Cell 8M 测序芯片，具有800万个ZMW孔。
ZMW 孔 : Zero-Mode Waveguides，零模波导孔 ，直径100nm。
P0 (“空 ZMW”) ：
ZMW孔没有产生任何有效数据 —— 没有采集到有效荧光信号。
P1（“有效 ZMW”）：
能生成有效序列数据（即Polymerase Reads）的ZMW孔。
P2（“其他 ZMW”）：
没有生成有效序列数据的ZMW 孔 —— 即非P0 / P1 的情况。可能是由于 ZMW 中结合了多个模板-聚合酶复合物，或具有高背景噪声等。
以上是关于PacBio HiFi 测序的一些基本概念，希望对各位老师有所帮助。
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