大数跨境

Longer Than Longer,岂止于长

Longer Than Longer,岂止于长 基因快讯
2014-10-20
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导读:市面上唯一的第三代测序设备供应商Pacific Biosciences于2014年10月下旬,再度升级了测序聚合酶和化学染料试剂(P6-C4),进一步提升其原本就傲视群雄的序列读取长度,N50超过了1

目前市面上唯一的第三代测序设备供应商Pacific Biosciences于2014年10月下旬,再度升级了测序聚合酶和化学染料试剂(P6-C4),进一步增加了其原本就傲视群雄的序列读取长度,N50超过了14Kb,这无疑是测序届爆发的又一枚超级炸弹。

长度长对于测序后序列拼装的巨大意义,大家都十分清楚,下面让我们来看看新试剂的表现如何:

P6-C4试剂可以将PacBio的平均读取长度提高到10000bp或者更长,有>50%的序列长度都超过了14000bp,最长读长> 40000bp,在业界遥遥领先。并且,在通量上也有了进一步提高,升级后每个SMRTCell的有效数据产出量可以大于550M。这种性能的提高,其中一部分原因是PacBio在原有C3试剂的光保护染料(photo-protecteddyes of the C3 chemistry)基础上进行了升级,新的化学试剂同时结合了C2的精确度与C3的读取长度两种优点。PacBio建议用户采用新的化学试剂来实现所有基于PacBio测序仪的相关应用。

本次升级同时发布的还有新的软件SMRT® Analysis v2.3。软件包括改进的长扩增子分析,Iso-Seq™应用,Quiver以及CCS,同时还有性能的提升。这些更新进一步增强了结果的准确度,加快了分析速度,并且为混合的各种大小的扩增子分析如全长HLA Class I 和Class II 基因提供了更多的选择。

越来越多的基因组测序中心关注于人类的疾病基因组测序,需要产生"Medical Grade Information“,也就是医学级数据,二代测序受制于其技术原理,很多情况下,无法得到准确的定位和定量序列信息,信息并不完整,垃圾数据含量过大,一些基因的结构异常,如多达几百bp甚至更长的重复序列tenden repeat,大片段的异位translocation,二代测序都无法发现,这些都是无法通过加深测序深度及生物信息学分析进行弥补的。

Longer Than Longer,测序长度长,就可以解决在二代测序视野中无法解决的此类问题,岂止于长。

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