之前小编整理了tagSNP的筛选教程分享给大家，如果有没看到的盆友们可以在本文最下方寻找链接查看～
今天给大家带来的是针对筛选过程中遇到的问题/errors整理的一些FAQ/Trouble Shooting：
Q1
千人计划查找vcf文件时，输入基因名后显示找到了多个Gene Product，该选哪一个？
可在NCBI数据库上查找目的基因的Gene Symbol，看Human物种，如下图，STING基因的Gene Symbol名为“TMEM173”，然后再回到千人网站去找对应结果。
Q2
直接在NCBI数据库中查找基因所在染色体区域可以吗？
可以的，但一定注意必须选择GRCh37版本的，这样才能与1000 Genomics数据对应。
Q3
安装haploview时提示安装失败，提示java文件损坏该怎么办？
可参考https://wenku.baidu.com/view/4f246e7ac5da50e2524d7fd3.html链接中教程。Q4
Q4
数据导入Haploview软件时报错，提示“Column number mismatch in ped file. line 101”，怎么办？
表示ped文件中存在数据缺失，解决方案：ped文件是可以通过txt文档打开的，打开后复制所有数据至excel表格中（比txt方便查看和编辑），即可看到下图所示数据，“line 101”指的就是“CHB_101”排数据存在缺失，下拉表格，再往后找，把缺失的位置填上“0 0”（注意中间有空格，表示该位点对应的该样本分型结果不明），保存，再导出后缀为.ped的txt文档即可。
注：由于不能识别A/C/G/T，故用数字代替，1代表碱基A，2代表碱基C，3代表碱基G，4代表碱基T。
Q5
数据导入Haploview软件时报错，提示“More than two alleles at marker 1”，怎么办？
表示marker 1存在不止两个等位，因为Haploview软件只可分析二等位结果，解决方案；同上述操作相同，将ped文件复制到excel表格中，找到Marker 1 column（从第7列开始算），比对该列数据，可通过筛查的方法找到哪个数据出了问题，找到后可将数字改成“0 0”。
Q6
如果想把5’UTR和3’UTR区域也包含进去找TaqSNP，怎么办？
在千人/NCBI上找到的染色体区域基础上，前后各扩大2kb即可（500bp-2kb都可以，没有明确的标准）。
Q7
为什么同一基因、相同染色体区域、软件参数相同条件下查找出来的tagSNP不一样？
因为Haploview在选tagSNP的时候是随机的，每次结果不一样，但对结果是没有影响的，比如说苹果、橙子、香蕉都代表水果，那么随机挑其中两样得到的结果也是水果，这种的话就会有3种组合，不过一般最终倾向于选择有功能的SNP往下研究。
以上即为小编自己在操作过程中遇到的问题，参照上述基本可顺利完成tagSNP筛选这一步骤，最后祝有这方面课题的小伙伴们科研顺利～
往期分享：
1. 干货：如何利用1000 Genomes数据挑选tagSNP？
