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ChIP实验尽在掌控， 自动声波聚焦技术了解一下
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ChIP实验尽在掌控， 自动声波聚焦技术了解一下

ChIP实验尽在掌控， 自动声波聚焦技术了解一下 基因快讯
2019-10-21
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导读：为大家介绍由Covaris带来的自动声波聚焦技术（AFA，adaptive focused acoustic），以及这项技术和ChIP实验擦碰出的火花。

———今日主题———

ChIP（chromatin immunoprecipitation）即染色质免疫共沉淀技术，是研究蛋白质-DNA相互作用的常用实验技术，在表观遗传学和转录因子调控研究中被广泛应用。ChIP实验繁琐复杂，任何一个环节的失误都会导致整个实验的失败。ChIP实验的各种优化方案也是层出不穷。
今天，小编为大家介绍由Covaris带来的自动声波聚焦技术（Adaptive Focused Acoustics™, AFA），以及这项技术和ChIP实验擦碰出的火花。



  Part1.染色质免疫共沉淀  


      染色质免疫共沉淀技术的原理是在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。

     这项技术主要用来分析目标基因有没有活性、或者分析一种已知蛋白（转录因子）的靶基因有哪些。


ChIP实验流程：

     相信此刻，小编已经成功唤醒了当年您在ChIP实验过程中的痛苦记忆。




 Part2. AFA超声技术 


     如上图右所示，自动声波聚焦技术(Adaptive Focused Acoustics™, AFA)通过球面固态超声传感器，准确地将声波能量聚焦于样品区域。

     使用AFA超声技术进行染色质剪切，具有能耗低、温度低、能量可控、重复性高等优点，更有标准的protocol供实验者参考。当然，实验者也可以根据实际情况进行仪器参数的调整。通过设定仪器的运行参数，染色质剪切过程尽在掌控。



Part3.AFA助力ChIP实验


示例1:

    “少于10万个细胞的染色质剪切，传统水浴超声仪无法获得ChIP-seq结果。在实验过程中使用AFA超声技术，在2周内就能完成对ChIP-seq的优化，并获得论文发表所需数据。”


示例2:

    “使用30,000个细胞即可获得比1000倍的细胞数量生成的Broad / ENCODE数据更好的结果。使用相同的设置和处理时间处理的细胞，生成了相同的大小范围和分布。”


示例3:

    “研究产后的DNA去甲基化及其在器官成熟中发挥的作用。

     ChIP过程中的染色质剪切和测序前的DNA片段化，均使用Covaris AFA自动声波聚焦技术进行。”


示例4:

      “文章证实了CTCF蛋白对染色体内形成互相隔绝的拓扑关联结构域（topologically associating domains，TADs）具有重要作用。

      ChIP过程中的染色质剪切和Hi-C文库构建过程中的DNA片段化，均使用Covaris AFA自动声波聚焦技术进行。”



     除了哺乳动物细胞，果蝇、酵母、植物样本在进行ChIP实验时，使用Covaris AFA技术进行染色质剪切也能取得优异的实验结果。更多已发表的文献等你来学习。


引用文献：

1、Sachs M, Cell Rep.2013, Bivalent chromatin marks developmental regulatory genes in the mouse embryonic germline in vivo
2、Christina Valensisi, BMC Genomics.2015, cChIP-seq:a robust small-scale method for investigation of histone investigations
3、Yitzhak Reizel, Nat Com.2018, Postnatal DNA demethylation and its role in tissue maturation
4、Elphège P. Nora, Cell.2017, Targeted Degradation of CTCF Decouples Local Insulation of Chromosome Domains from Genomic Compartmentalization



     基因有限公司作为一家专业性的生命科学仪器、试剂供应商，自1992年成立以来一直秉承着“Let Professionals Serve Professionals”的宗旨，力求将先进的技术方法推荐到国内，为广大客户提供包括技术咨询、产品选配、售后培训及维护的专业服务体系。作为Covaris全国性代理商，可为感兴趣的客户提供专业的产品咨询、技术答疑及联系试用等，欢迎大家前来咨询。




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基因生物技术国际贸易（上海）有限公司拥有仪器，试剂，市场与技术支持，售后等各部门组成的完整体系，是国内生命科学领域主要供应商之一，代理国际一流的高科技产品。积极利用公众号，进行最新资讯的共享，希望得到您的关注和支持。
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