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秘籍-No.2∣您的探针法qPCR为什么没信号?

秘籍-No.2∣您的探针法qPCR为什么没信号? 基因快讯
2020-06-23
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导读:探针的本质是单链的核酸(一般是DNA)。在同样环境中(温度、buffer、浓度等),衡量核酸杂交状态的主要指标就是Tm值。那么,如何提高探针的Tm值、提升其杂交能力呢?!有什么秘诀吗?快来了解BHQp



您的探针法qPCR


为什么没信号


为什么?!

当然可能是设计的问题,或者是探针生产质量的问题。这个好解决,参见我们上一篇秘籍即可。


排除了这些原因,那么就不得不考虑序列以外的高级技巧了:


探针的杂交能力!【敲黑板!!】


探针的本质是单链的核酸(一般是DNA)。在同样环境中(温度、buffer、浓度等),衡量核酸杂交状态的主要指标就是Tm值。Tm的定义为双链解链一半的温度。也就是说Tm越高的单链DNA,越容易与模板维持双链状态(即杂交)。


那么,如何提高探针的Tm值、提升其杂交能力呢?!


我们可以从美国FDA的官网找到线索。其官网上一个关于5色qPCR试剂盒的说明中,透露了他的秘诀:BHQplus探针!

Vial No.

Vial Label

Vial 

Components (Primer/

Probe.

Gene name) 

Probe 

Modi

fications

5'-

modi

fication

3'-

modi

fication

1

ZIKVMIX 

ZIKA.3P.QF



ZIKA.3P.QR



ZIKA.3P.Probe.R6 10

CAL Fluor Red 610

BHQ-2

2

DENVMIX

DENV.3P.QF



DENV.3P.QRA



DENV.3P.QRB





DENV.3P.Probe.O 560

CAL Fluor

Orange 560

BHQ-1 plus

3

CHIKVMIX

CHIK.NSP2.NQF



CHIK.NSP2.NQR



CHIK.NSP2.Probe .FAM

FAM

BHQ-1 plus

4

WNV-

MIX

WNV.NS5.NQF



WNV.NS5.NQR



WNV.NS5.Probe. Q670

Quasar 670

BHQ-2

5

RP-

MIX

RNASE-P-QF

Quasar 705

BHQ-3

RNASE-P-QR

RNASE-P-

Probe.Q705



啥是BHQplus技术?

——为什么FDA要在其推荐的探针组里,‘偷偷’混入几个BHQplus探针?


——传说中的BHQ升级了吗?不是!淬灭基团还是经典的BHQ,升级的是每一个嘧啶碱基!


你没看错!的确是所~有~的C和T都做了升级,通过对嘧啶碱基进行修饰,每一个C提升Tm 1度,每一个T提升Tm 0.5度。常规20bp的探针如果有50%的C\T含量,Tm提升可达5~10度!很大的增强了同样条件下探针的结合能力!


怎么,你不信?咱们看数据:

更重要的是,这种基于碱基互补配对原则的结合力提升技术,并不会很贵哟!

最重要的是,设计其实更简单哟!


正因如此,BHQplus技术尤其在技术壁垒较高的传染病领域¹和肿瘤领域²´³备受欢迎。


Source:

1.https://blog.biosearchtech.com/TheBiosearchTechBlog/bid/30874/On-the-Set-of-Making-of-the-Swine-Flu-Test-Kit-Inside-Biosearch-Technologies


2.Yeo J, Crawford EL, Blomquist TM, Stanoszek LM, Dannemiller RE, et al. (2014) A Multiplex Two-Color Real-Time PCR Method for Quality-Controlled Molecular Diagnostic Testing of FFPE Samples. 


3.A practical molecular assay to predict survival in resected non-squamous, non-small-cell lung cancer: development and international validation studies

The Lancet, Early Online Publication, 27 January 2012 doi:10.1016/S0140-6736(11)61941-7.


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BiosearchTechnologies是专业性荧光定量PCR探针合成及标记服务公司,提供与世界上各种荧光定量PCR仪配套的探针标记方式及荧光素。


Biosearch拥有丰富的高品质产品线,不仅包括探针和引物产品,广泛应用于药物研发,基因组测序/SNP检测/基因表达分析等领域,也为其他寡核苷酸生产厂商提供核酸合成原材料。包括多种荧光染料和淬灭染料BHQ、具有高表面积电位的CPG支持载体和合成柱、用于寡核苷酸合成和色谱应用的化学活化的多孔玻璃,以及合成及纯化配件等。


基因有限公司为 Biosearch Technologies授权一级代理,想进一步了解更详细的产品信息,敬请留言或直接联系基因有限公司~



 




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