您的探针法qPCR
为什么没信号?
为什么?!
当然可能是设计的问题,或者是探针生产质量的问题。这个好解决,参见我们上一篇秘籍即可。
排除了这些原因,那么就不得不考虑序列以外的高级技巧了:
探针的杂交能力!【敲黑板!!】
探针的本质是单链的核酸(一般是DNA)。在同样环境中(温度、buffer、浓度等),衡量核酸杂交状态的主要指标就是Tm值。Tm的定义为双链解链一半的温度。也就是说Tm越高的单链DNA,越容易与模板维持双链状态(即杂交)。
那么,如何提高探针的Tm值、提升其杂交能力呢?!
我们可以从美国FDA的官网找到线索。其官网上一个关于5色qPCR试剂盒的说明中,透露了他的秘诀:BHQplus探针!
|
Vial No. |
Vial Label |
Vial Components (Primer/ Probe. Gene name) |
Probe Modi fications |
|
|
5'- modi fication |
3'- modi fication |
|||
|
1 |
ZIKVMIX |
ZIKA.3P.QF |
||
|
ZIKA.3P.QR |
||||
|
ZIKA.3P.Probe.R6 10 |
CAL Fluor Red 610 |
BHQ-2 |
||
|
2 |
DENVMIX |
DENV.3P.QF |
||
|
DENV.3P.QRA |
||||
|
DENV.3P.QRB |
||||
|
DENV.3P.Probe.O 560 |
CAL Fluor Orange 560 |
BHQ-1 plus |
||
|
3 |
CHIKVMIX |
CHIK.NSP2.NQF |
||
|
CHIK.NSP2.NQR |
||||
|
CHIK.NSP2.Probe .FAM |
FAM |
BHQ-1 plus |
||
|
4 |
WNV- MIX |
WNV.NS5.NQF |
||
|
WNV.NS5.NQR |
||||
|
WNV.NS5.Probe. Q670 |
Quasar 670 |
BHQ-2 |
||
|
5 |
RP- MIX |
RNASE-P-QF |
Quasar 705 |
BHQ-3 |
|
RNASE-P-QR |
||||
|
RNASE-P- |
||||
|
Probe.Q705 |
||||
啥是BHQplus技术?
——为什么FDA要在其推荐的探针组里,‘偷偷’混入几个BHQplus探针?
——传说中的BHQ升级了吗?不是!淬灭基团还是经典的BHQ,升级的是每一个嘧啶碱基!
你没看错!的确是所~有~的C和T都做了升级,通过对嘧啶碱基进行修饰,每一个C提升Tm 1度,每一个T提升Tm 0.5度。常规20bp的探针如果有50%的C\T含量,Tm提升可达5~10度!很大的增强了同样条件下探针的结合能力!
怎么,你不信?咱们看数据:
更重要的是,这种基于碱基互补配对原则的结合力提升技术,并不会很贵哟!
最重要的是,设计其实更简单哟!
正因如此,BHQplus技术尤其在技术壁垒较高的传染病领域¹和肿瘤领域²´³备受欢迎。
Source:
1.https://blog.biosearchtech.com/TheBiosearchTechBlog/bid/30874/On-the-Set-of-Making-of-the-Swine-Flu-Test-Kit-Inside-Biosearch-Technologies
2.Yeo J, Crawford EL, Blomquist TM, Stanoszek LM, Dannemiller RE, et al. (2014) A Multiplex Two-Color Real-Time PCR Method for Quality-Controlled Molecular Diagnostic Testing of FFPE Samples.
3.A practical molecular assay to predict survival in resected non-squamous, non-small-cell lung cancer: development and international validation studies
The Lancet, Early Online Publication, 27 January 2012 doi:10.1016/S0140-6736(11)61941-7.
相关阅读:
如需产品和技术咨询,欢迎扫码添加产品专员的企业微信

公司介绍
BiosearchTechnologies是专业性荧光定量PCR探针合成及标记服务公司,提供与世界上各种荧光定量PCR仪配套的探针标记方式及荧光素。
Biosearch拥有丰富的高品质产品线,不仅包括探针和引物产品,广泛应用于药物研发,基因组测序/SNP检测/基因表达分析等领域,也为其他寡核苷酸生产厂商提供核酸合成原材料。包括多种荧光染料和淬灭染料BHQ、具有高表面积电位的CPG支持载体和合成柱、用于寡核苷酸合成和色谱应用的化学活化的多孔玻璃,以及合成及纯化配件等。
基因有限公司为 Biosearch Technologies授权一级代理,想进一步了解更详细的产品信息,敬请留言或直接联系基因有限公司~


