什么是Saphyr系统
Bionano Saphyr 系统以100kbp-Mbp级别读长可实现超高灵敏度的结构变异检测分析和复杂基因组de novo组装。在结构变异检测领域目前广泛应用于肿瘤、白血病、遗传病、罕见病等疾病的研究。Saphyr 半导体芯片上有多达120,000个纳米通道，经高清CCD对所有纳米通道的DNA实时成像，每个flowcell可采集高达5T数据，软件自动将图片数据转换成分子数据，最终组装得到全基因组光学图谱。
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Bionano Saphyr
全基因组光学图谱
检测系统组成
一套Saphyr系统硬件(图1)包含了主机(Saphyr Instrument), 主机控制电脑(Instrument Controller), Access服务器(Bionano Access Server)，Saphyr计算服务器(Saphyr Compute Server)及相关附件(显示器和鼠标键盘等)。
另外客户可根据数据分析任务量采购额外的Bionano计算服务器 (Bionano Compute Server) 来扩充分析节点，加快分析速度。
图1 Saphyr系统硬件及连接示意图
Saphyr Instrument：用于采集Saphyr芯片上流动的荧光标记后长片段DNA图像，产生原始图像数据。
Instrument Controller：安装Instrument Control Software (ICS)及储存原始图像数据。ICS用于控制Saphyr Instrument中各种功能(如电压、电流、机械运动、拍照时间等) 。同时也将采集到的原始图像转换成分子数据(.bnx) ，并计算实时参数（如数据通量、分子长度、荧光标记密度等）。
Bionano Access Server：数据储存、管理及可视化服务器。可安装并登录网页服务器应用Bionano Access Software可以对账户及数据进行管理，同时也可以设置数据分析参数，启动分析，在分析完成后查看数据，生成报告。
Saphyr Compute Server：机架式数据分析服务器(图2) 。安装Bionano Solve/Tools数据分析软件。对Bionano Access软件中设置的分析流程进行运算，并将结果返回到Bionano Access软件中进行展示。
Bionano Compute Server：机架式数据分析服务器(图2) ，功能与Saphyr Compute Server类似，用于增加数据分析计算力。客户可根据实际情况额外购买。
图2 Bionano 数据分析服务器
02
Bionano Saphyr
系统网络连接设置
如图1所示，Saphyr硬件组成需位于同一局域网内。利用千兆交换机（客户按要求自行购买）连接计算服务器和局域网。位于同一局域网的计算机都可以利用Bionano Access Server地址远程登录Access Software进行设置操作和数据查看。
注意事项tips:
1, 局域网需要千兆以太网。
2, 推荐该局域网能够接入外部互联网，以方便后期远程访问，系统升级。
3, 推荐采用Chrome浏览器登录Access服务器。
4, Access服务器不能采取代理服务器模式 (proxy servers) ，否则会导致实时数据更新不及时。
5, Access服务器用于储存原始数据和分析后的结果。服务器空间足够正常运行实验室几年的样本数据存储。我们建议定期备份Access Installation folder中的所有内容。如果数据存储超过服务器容量，建议联系Bionano售后服务协助备份转移整体数据。
6, Saphyr Instrument, Instrument Controller, Bionano Access Server建议放置于实验室，Saphyr/Bionano Compute Server建议独立放置在计算机房，利用局域网连接。
7，24口千兆交换机 (推荐型号NETGEAR GSM 7228S-100NES）。
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Bionano Saphyr
系统实验室环境要求
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Bionano Saphyr
系统实验台设计要求
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Bionano Saphyr
系统电力要求
表1 Saphyr系统硬件电力参数
（点击查看大图）
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实验室其他要求
基因有限公司作为Bionano公司中国区代理商，我们为您基因组研究领域提供最完整的解决方案，也为国内用户提供专业的单分子光学图谱系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的Bionano用户。
