8种人肿瘤组织MERFISH数据集- 大数跨境

基因快讯

2022-06-23

导读：对8种人肿瘤组织进行500个基因的MERFISH分析，得出基因表达与空间分布、单细胞分辨率的细胞图谱绘制、更加精细的细胞类型和细胞亚型的鉴定、表征肿瘤微环境中的免疫细胞类型。

研究肿瘤微环境中肿瘤细胞、免疫细胞以及其它类型细胞的组成以及在组织中的空间分布，免疫细胞在微环境中的占比，细胞类型之间的空间临近对于肿瘤的发生和发展、肿瘤的严重程度以及肿瘤预后等具有非常重要的指导意义。

美国Vizgen公司于今年5月份发布了针对8种人FFPE肿瘤组织样本的MERFISH data set，包括乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌、黑色素瘤、卵巢癌、前列腺癌、子宫癌。针对该8种肿瘤样本的16张组织切片，均进行了包含500个基因的MERFISH实验，共计检测到41亿多个转录本、分析了接近870万个细胞。

一、肿瘤FFPE样本的MERFISH数据灵敏度高、准确性和可重复性好

1A图显示两张人卵巢癌组织切片MERFISH结果相关系数0.99。1B图显示人卵巢癌组织切片MERFISH结果与Bulk RNAseq结果相关系数0.82。1C图显示8种肿瘤组织MERFISH结果与Bulk RNAseq结果相关系数在0.7至0.82之间，呈现出较好的一致性。

二、致密组织中细胞边界区分允许绘制真正的细胞图谱

2A图显示人肝癌组织切片用Vizgen公司的细胞边界染色试剂盒进行染色，红色显示的为胞膜，蓝色显示的为胞核。2B图多边形用以显示不同的细胞边界。2C图显示鉴定出的17种不同的细胞类型的UMAP图。2D图显示2B图框选区域中细胞类型的空间分布。2E图显示2B图框选区域中成纤维细胞的空间分布。2F图显示2B图框选区域中内皮细胞的空间分布。比例尺1mm。

三、直观显示感兴趣基因的空间分布

4A图显示ACTA2 (绿色), CD3D (红色), LGR5(浅绿), MKI67 (品红) 以及PECAM1 (蓝) 五种基因表达的空间分布。4B图显示4A图中框选区域的放大图。4C图显示4B图框选区域的放大图。比例尺为250μm。

四、细胞类型鉴定和细胞图谱绘制

5A图显示基于MERFISH数据鉴定出的人乳腺癌组织切片中的14种不同细胞类型。5B图显示14种不同细胞类型的空间分布。5C图显示5B图框选区域放大后显示细胞类型的空间分布。5D图显示5C图框选区域放大后显示表达COL1A1的两种成纤维细胞(成纤维细胞1绿色显示，成纤维细胞2红色显示)，而仅在成纤维细胞2中特异性表达扩增标志物MKI67。5E图显示每种细胞类型特异性marker基因的表达。

五、表征肿瘤微环境中的免疫细胞类型

6A图显示对T细胞和NK细胞进行亚聚类分析得到的7种不同的免疫细胞亚型。6B图显示每种细胞类型特异性表达的marker基因。6C图和6D图分别显示Treg细胞以及CD4阳性T细胞乳腺癌组织中的空间分布。6E图显示CD4 (绿), CD8A (蓝), FOXP3 (红), NCR1 (黄) 以及CTLA4 (白) 几个基因的空间分布。注意FOXP3阳性的Treg细胞里面表达T细胞衰竭marker CTLA4。黄色箭头所示为NK细胞。

NOTE

该8种人肿瘤FFPE样本MERFISH数据集均是由Vizgen团队在其商品化平台MERSCOPE™上运行获得。如果您想引用，请注明：

Vizgen MERFISH FFPE Human Immuno-oncology Data Set, May 2022.

获取链接如下：https://info.vizgen.com/ffpe-showcase?

IMPORTANT

基因有限公司于2022年3月正式签约成为美国Vizgen公司MERSCOPE™多重FISH超分辨率成像分析系统在中国的总代理。负责该系统的售前技术咨询、售后安装培训、应用支持等工作。同时，我司也提供MERFISH的技术服务。如果您感兴趣，可以直接添加产品经理企业微信进行一对一沟通，也可以联系您身边的基因人。