身材小，用途多！看DS3000在甲基化检测上如何一展身手

🎈为什么需要检测DNA的甲基化?

DNA甲基化(DNA methylation)是重要的表观遗传调控方式之一，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现，如引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式改变，从而控制基因的表达。DNA甲基化主要参与基因转录调控、细胞分化、胚胎发育、X染色体失活、基因印记和肿瘤的发生等过程。因此，DNA甲基化的检测有助于阐明重要生命过程背后的奥秘。

🎈现有的DNA甲基化的检测方法：

1.甲基化特异性PCR(MSP)：利用特异性引物扩增甲基化和非甲基化的两种DNA序列，最终通过电泳或者其他技术鉴定出样品中是否存在甲基化。

2.限制性内切酶消化(Mspl/Hpall)：利用限制性内切酶Mspl和Hpall切割未甲基化的CpG位点后再进行PCR扩增，得到甲基化信息。

3.甲基化敏感的高分辨率PCR(MS-HR-PCR)：利用甲基化敏感的引物，通过PCR检测出甲基化水平的细微差异。

4.甲基化芯片：利用基因芯片技术对待测样品进行芯片杂交和信号检测，最终得到样品中各甲基化位点的信息。

5.基于测序的甲基化检测：①亚硫酸氢盐测序：将从样品中提取的基因组DNA用亚硫酸氢盐处理一段时间使C脱氨基后转变成U，但是已经甲基化的C将不被反应而被保留。因此，通过二代测序对反应产物序列进行测定，可以区分已甲基化的C和未甲基化C。②采用第三代测序技术，如PacBio和Nanopore等，可以检测原始DNA分子上的甲基化位点及其甲基化水平。

因此，通过以上信息，如果您有一台一代测序仪DS3000，您会怎么做甲基化分析呢？

💡基于PCR扩增甲基化片段或者在亚硫酸氢盐处理之后对基因组进行测序的方法都可以实现甲基化的测定。

下面就来看看DS3000亚硫酸氢盐测序分析实例：

1.将亚硫酸氢盐处理后的HCT116细胞株的基因组DNA样品进行纯化及定量；

2.对人MLH1基因的转录起点上游区域进行了PCR扩增；

3.在DS3000上进行电泳；

4.将测序得到的碱基序列与亚硫酸氢盐处理之前的序列进行了比较。

5.结果，检测出了19个已甲基化的C（分析区域中共有20个已甲基化的C）。

结果如图1所示，得到了清晰的碱基波形图。图中第7个碱基是C与T的混合碱基(Y)。据推测，此混合碱基中有一部分是甲基化的C。接下来检测出的甲基化C的位置如图2所示。分析区域中共存在20个作为CpG methylase底物的CpG序列，除上述1个混合碱基之外，其他19个甲基化C的峰均通过DS3000检出。

图1.亚硫酸氢盐处理后的测序检测的波形数据。

图2.观察到的甲基化胞嘧啶的位置

通过将正向引物数据与反向引物数据叠加而创建了观察到的甲基化模式。

注：仅限科研使用，不可用于医疗诊断及其相关用途。本资料中刊登的数据仅为测试示例，不确保数据的准确性。

在此介绍使用DS3000进行亚硫酸氢盐测序分析的实例。靶向分析人MLH1基因启动子，在20个C当中检测出19个甲基化C区域，分析未直接测出的甲基化位点应是存在于混合碱基里的一部分C。

更多关于遗传变异分析、病原体分型，重组质粒验证以及基因编辑验证等领域的应用实例分析且看下回分解。

“小身材，大作为”

DS3000期待您的关注！

HITACHI公司是专业的一代测序仪生产与制造公司，其代表产品DS3000秉承日立多年来研究开发的毛细管技术与激光辐射技术成为性能优异的小型CE测序仪。基因有限公司作为HITACHI公司的特约经销商，可为感兴趣的客户提供专业的产品咨询、技术答疑、应用培训与售后维护工作等。

如果您感兴趣，欢迎添加工作人员的企业微信进行一对一沟通，也可以联系您身边的基因人。