对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税；一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额；对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税；对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
把农民专业合作社全部纳入农村信用评定范围;加大信贷支持力度，重点支持产业基础牢、经营规模大、品牌效应高、服务能力强、带动农户多、规范管理好、信用记录良的农民专业合作社;支持和鼓励农村合作金融机构创新金融产品，改进服务方式;鼓励有条件的农民专业合作社发展信用合作。
2003年到2010年，中央财政累计安排专项资金超过18亿元，主要用于扶持农民专业合作社增强服务功能和自我发展能力。农机购置补贴财政专项对农民专业合作社优先予以安排。
目前，农业部蔬菜园艺作物标准园创建、畜禽规模化养殖场(小区)、水产健康养殖示范场创建、新一轮“菜蓝子”工程、粮食高产创建、标准化示范项目、国家农业综合开发项目等相关涉农项目，均已开始委托有条件的有关农民专业合作社承担。2017年，合作社将承担更多申报项目功能。
鼓励和引导合作社与城市大型连锁超市、高校食堂、农资生产企业等各类市场主体实现产(供)销衔接。
从2011年起组织实施现代农业人才支撑计划，每年培养1500名合作社带头人。继续把农民专业合作社人才培训纳入“阳光工程”，重点培训合作社带头人、财会人员和基层合作社辅导员。鼓励大学生村官参与、领办合作社。
