一、会使作物从土壤中吸收过多的磷素营养。过多的磷素营养会促使作物的呼吸作用大大增强，从而过多消耗作物体内储存的糖分和能量。
二、会诱发土壤缺锌。过量施用磷酸钙后，会在土壤中大量形成难溶性的磷酸锌盐，使作物出现明显缺锌症状。过量施用钙镁磷等碱性磷肥后，会使土壤碱化，使锌的有效性降低，影响作物对锌的吸收。玉米白化症，水稻僵苗坐蔸等，就是由于作物缺锌的结果。同时，施磷过多，还会导致作物发育不良。
三、会使作物得磷失硅。硅对许多作物的生长和高产具有十分积极的作用。例如，喜硅作物水稻若不能从土壤中吸收到足够的硅元素，就会发生茎秆纤细，出现倒伏及抗病能カ差等缺硅症状，而水稻缺硅症有时就是由于大量施磷造成的。
四、会使作物得磷缺钼。过多施用磷肥，磷与钼之间常常会发生“强磷弱钼”现象，使作物对磷、钼都无法吸收利用。
五、会造成土壤中有害元素积累。磷肥主要来源于磷矿石，磷矿石中含有许多杂质，其中包括镉、铅、氟等有害元素。所以过多施用磷肥会引起土壤中镉的增加，且这种镉有效性高，易被作物吸收从而对人畜造成危害。
那么，磷肥施用量以多少为宜呢？一般来讲，即使是缺磷土壤，每亩施用量也不能超过40千克，以30-35千克为宜。磷肥后效期较长，每2-3年基施一次即可
