微生物菌剂中含有的大量活性有益菌，像哈茨木霉和枯草芽孢杆菌等，在土壤中不断地生长发育繁殖，分泌大量的几丁质酶、生根素等物质作用于土壤中。
同时还能够固氮解磷活钾，提高土壤中肥料的利用率，在做到爆发式生根的同时，还进一步促进作物持续生根，所以微生物菌剂促生根的持效期更长，使作物长势更健康。
首先，微生物菌剂促生根的原理不同于生根剂生根粉促生根的原理。
生根剂生根粉促生根的原理：在作物生产应用中有吲哚乙酸、吲哚丁酸、萘乙酸，御根生，br生根剂，复硝酚钠等多个成分，是在植物体内维持植物的顶端优势，诱导同化产物向产品（果实）运输，促进植物生根等。
微生物菌剂促生根的原理：通过施入土壤后开始繁殖分泌出来的分泌物比如几丁质酶，生根素等物质改善土壤环境，间接作用于植物，并不是直接作用植物。
其次，微生物菌剂促生根的持效期更长，不仅能够爆发式生根，还可以持续生根，且作物长势更健康。
再次，微生物菌剂不仅能够促进生根，还能够养根护根，减少病虫害的发生。
再者，使用微生物菌剂不仅能够生根护根，还能调理土壤环境，使作物处于健康的生长环境中。
