2016年初，财政部、交通运输部联合发布《关于完善港口建设费征收政策有关问题的通知》，新规将于4月1日起执行。
根据《通知》，货物如要享受全程只缴纳一次港建费，需是进港后为船过船作业，及卸船不提离港口库场直接办理转船转运；一旦货物提离港口库场重新托运，就需要在转运港再次缴纳港口建设费。在此过程中，国外进口货物应在第一次转运港口报送中转信息并缴纳港口建设费；国内出口货物应当在首个对外开放口岸装船或转运时报送中转信息并缴费；如中转信息发生变化，收货人或代理人应及时向转运港提供转运证明材料，否则应缴纳港口建设费。
《通知》明确，货物的装船港和卸船港均为对外开放口岸港口，且未按规定在装船港缴费的，应在卸船港按征收标准择高缴纳港口建设费。此外，明确提出，对30英尺以下的非标准集装箱，按20英尺集装箱的征收标准征收港口建设费；对30英尺（含30英尺）以上的非标准集装箱，按40英尺集装箱的征收标准征收港口建设费。
