费用的估算跟前面提到的间接成本类似。这些费用不外乎包括：管理人员的工资福利、办公室设备折旧和装修等费用摊销、办公室租金、市场费用、差旅费交通费、通信费用，以及办公用品消耗品等。一般只要根据实际的情况或者可能会遇到的情况凭经验估计就可以了。比如说，租金，一般来说根据大概有多少人需要多少办公面积、办公室要设在什么地段还是放在工厂内部等因素来判断。而折旧和摊销要在确认了资本性支出（参见以下“关于资本性支出的预算” 章节）的金额之后再来计算。
大部分的费用都可以比较直接的估计出来。我认为唯一比较复杂的可能是市场费用。
市场费用可以用比率，根据销售额的比率来提取。一般各个行业都有自己的经验比率。虽然不一定准确，但可以参考。特别在作长远规划时，比率法比较好用。
根据市场推广计划来估算实际可能发生的市场费用。这是比较稳妥的方法。先了解市场部的计划，比如说他们的计划是：下一年度内两次投放电视广告，十次新产品推广，建立用户VIP俱乐部，加上暑假期间的特惠促销和圣诞节期间的假日促销。那么，只要知道各类广告的大致投放成本，产品推销的范围和动用到的资源等，就可以计算每次活动所需的费用了。
如果费用要在不同部门、不同项目之间的分摊，可以用一些很主观判断性的（Judgmental） 方法，也可以用ABC。另外还要考虑这个部门是成本中心还是利润中心？如何分摊费用，才可以使其分摊结果趋向合理？否则的话，年底考核绩效时，预算时设立的所谓考核指标会不会变得没有意义？
