农村养鸡、养猪的规模化发展，提供了大量的农家肥来源，有人大量沤制原生态有机肥，认为这类肥料养分更全面，比商品生物有机肥要好得多。其实这种认识是片面的，事实也证明，大量施用腐熟农家肥的并不见得效益有多高。
这是因为：
一是有益微生物差异。生物有机肥含有大量的有益微生物，其活动能够改善土壤理化性状，抑制有害微生物的生长，促进作物生长。农家肥微生物含量较少，有益微生物和有害微生物共生。
二是肥效差异。生物有机肥经过发酵，腐熟彻底，养分损失少，肥效相对较快；农家肥露天长时间堆制，养分特别是氮素养分损失较多。
三是安全性差异。生物有机肥经过有益微生物的作用，基本消灭了禽畜粪便中原有的对作物有害的虫卵和病原菌；农家肥自然发酵，不受人为因素的控制，内含对作物生长有害的病虫。另外，生物有机肥经过发酵，充分腐熟后施入土壤，不会造成作物烧根烧苗，而农家肥腐熟不彻底，用量稍大，就会烧根烧苗，导致减产。
