在土壤生态系统中，微生物是分解者，以动植物残体及其他有机物为食，使构成有机成分的元素和储存的能量，通过它的分解释放在环境中，使有限的元素可持续的利用，伺时通过它的活动和繁殖将人类不能直接利用的物质转变为可利用的产品，如果没有微生物的分解作用，动植物残体及粪便将不断积累，不仅给环境带来污染和破坏，同时自然界的物质也得不到循环利用，人类的生存最终也会受到威胁，因此微生 物在农业生产中占有举足轻重的作用。土壤生态系统中，土壤微生物处在不断变化的动态平衡中，并且这种动态平衡系统有一定的缓冲作用，当在适度范围内变化时，该 系统仍可保持动态平衡，维持该系统的稳定性，但当外界环境变化剧烈时，该平衡系统被打破，就会给土壤带来严重的影响。
近年来我国农业对土壤的影响及破坏上世纪开始，化肥和农药的发明和使用给我国种植业带来了大幅度增产增收，广大农民的收益不断增加，曾经给我国的粮食产量带来了不可估量的作用。但是我国土地的平均肥料利用率不足 40%，随着化肥和农药的大量使用，土地质量逐年变差，环境污染日益严重，病虫害的不断变异和抗药性的不断增加，给农业防治带来了前所未有的挑战，也给农业生产带来了巨大的损失，从而导致化肥和农药的滥用，形成了一条恶性的循环链。
微生物在农业中的作用微生物农业充分利用农业微生物的潜在生态位，调整农业结构，改善农业生物生长环境，充分利用潜在生物资源，对改良植物生长环境，改善土壤质量，维护生态平衡等方面都具有重要的作用，在土壤生态系统中，主要表现在以下几方面：
1、提高肥料利用率，减少肥料使用量，改善土壤环境当化肥施入土壤中，平均只有不到40%被植物利用，其余60%通过土壤渗透径流、气体挥发等作用损失消耗掉，不仅造成了肥料的浪费，还对地下水、大气等环境造成了污染，微生物的存在可以提高肥料的利用率，一方面可以通过微生物的作用将土壤中难以利用的营养物质转变成植物可直接吸收利用的形态;另一方面通过微生物的固持作用，可以减少营养物质的径流和挥发损失，提高了肥料的利用率。
2、分解土壤中有机物质，促进物质循环利用土壤中的有机质中含有大量的碳、氮等营养元素，但是以纤维素、木质素、果胶等难以分解的状态存在，植物难以吸收利用，通过微生物的作用，可促进这些物质的分解，将营养元素转化成植物可以直接吸收利用的游离态，从而促进了物质的循环利用。
3、分解农药残留，提高土壤安全性
在种植过程中农药的逐年使用会使其在土壤中进行积聚，从而会对食品安全带来隐患，使农残超标等安全事故频发，土壤中的微生物通过自身的一系列生理生化反应， 将素性较强的农药降解毒性较小或无素的物质，从而减少了农药残留，降低了农药的污染和危害，这类微生物主要包括细菌、放线菌和真菌等。
4、抑制土壤中有害菌的滋生，提高作物健康性任何微生物都需要一定的环境条件才能繁殖生长，通过在土壤中添加有益微生物，使有益微生物快速在土壤中形成优势种群，迅速占剧有害菌生长所需的空间，同时与有害菌形成营养竞争等竞争环境，使有害菌生长繁殖所需的适合环境被破坏，使有害菌在土壤中不能大量繁殖生长，从而使病害的发生率降低。
5、改善土壤团粒结构，提高土壤保水通气性能良好的土壤团粒结构不仅可以保持土壤的水分和通气性、稳定土壤温度、调节土热状况，还可以有效地调节土壤有机质的积累和分解消耗，因此，保持良好的土壤团粒结构对农业生产具有重要的作用。土壤的团粒是由多种微生物分泌的多糖醛酸甙、 黏粒矿物以及铁、铅等的氢氧化物和腐殖质等胶结而成的，可见，微生物对土壤团粒结构的形成具有十分重要的作用。总之现代农业的发展离不开科学的管理方式，使用微生物技术让土壤回归原生态，使其恢复自身的平衡系统，才能充分发挥其营养库、生物支撑、保持生物多样性等多种功能，植物自身的免疫功能才能有效提高，化肥、农药的使用量才能根本减少，才能从源头保障食品安全。
