由于严重亏损、资本过多、解决出资瑕疵、减轻股东实缴压力、投资的快速回收、公司分立、融资失败等原因，公司会出现减资撤资的情况。
那么，自然人股东撤资并减少注册资本的，是否需要缴纳个人所得税呢？需要结合实际情况进行判断才能确定。
国家税务总局公告2011年第41号《关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》规定：个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。
应纳税所得额的计算公式是：
应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（或投入额）及相关税费
这里需要提醒一下：
1.股权收入是全口径收入，既包括股权转让价款，也包括赔偿金、违约金等价外收入；
2.对非法人企业投资份额转让，比照股权转让进行个人所得税处理。
依照国家税务总局公告2014年第67号《国家税务总局关于发布<股权转让所得个人所得税管理办法（试行）>的公告》规定，个人股东撤资是有公司出资金的，属于公司收回股权，也是股权转让行为，需要按照股权转让计算缴纳个人所得税。
如果涉及到67号公告第十二条规定的视为股权转让收入明显偏低情形，而又没有正当理由的，税务局有权核定股权转让收入，从而按规定计算缴纳个人所得税。股权转让收入明显偏低的情况包括：
1、申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；
2、申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；
3、申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；
4、申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；
5、不具合理性的无偿让渡股权或股份；
6、主管税务机关认定的其他情形。
根据67号公告第十三条，视为有正当理由的情况包括：
1、能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；
2、继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
3、相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；
4、股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
另外，公司减少注册资本需要6步，我们来看下都有哪些流程：
1、董事会制订减资方案
根据《公司法》第四十六条规定：董事会对股东会负责，行使制订公司增加或者减少注册资本以及发行公司债券方案的职权。
2、股东会决议
根据《公司法》第四十三条规定：股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
3、编制资产负债表与财产清单
根据《公司法》第一百七十七条第一款规定：公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。
4、通知并公告债权人
根据《公司法》第一百七十七条第二款规定：公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
5、修订公司章程
注册资本属于公司章程应当载明的事项，因此减少注册资本需要修改公司章程，股东会应根据公司注册资本与股东认缴出资变更情况相应修订公司章程。
6、办理工商变更登记
根据《公司法》第一百七十九条第二款规定：公司增加或者减少注册资本，应当依法向公司登记机关办理变更登记。
【总结】
减资是指公司在存续期间，基于某种情况或需要，依照法定条件和程序，减少公司的资本总额。根据资本不变原则，公司的资本不得随意减少，但并非绝对不可改变，而是可以通过法定的程序减资。减资的目的在于缩小经营规模或停止经营项目，减少资本过剩、提高财产效用。
