国内外的众多研究已经表明部分益生菌蛋白粗提取液具有抑菌效果，如：国外有研究将解淀粉芽胞杆菌的粗蛋白提取液进行纯化和浓缩，得到纯化的抗真菌蛋白，对植物炭疽病具有防治作用。并猜测其作用机理可能是蛋白质作用在炭疽病菌的细胞壁上，从而使其细胞壁逐渐崩塌，最终消亡。国内学者研究动物乳杆菌的抑菌蛋白特性时发现，乳酸菌上清液在PH4.5时对溶壁微球菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等均有较强的活性，但经过胰蛋白酶、木瓜蛋白酶、蛋白酶处理后，抑菌活性丧失，证明了为乳杆菌上清液中的抑菌蛋白类起到抑菌的效果。
脂肽类抑菌物质广泛存在于芽孢杆菌的提取液中，其功能性不但体现在动植物病害的防治，也能预防食品在贮藏过程中的霉变。脂肽类家族主要为surfactin（生物表面活性剂）、fengycin（芬芥素）、iturins（伊枯草菌素）等。Landy 等研究发现枯草芽孢杆菌产生的脂肽类抑菌物质主要有surfactin和fengycin，对抗病毒、肿瘤、细菌以及真菌都有一定程度的抗菌活性。Gomma等研究表明，由地衣芽胞孢杆菌中分离的surfaction具有高效广谱的抗菌活性，对动物中常见金黄色葡萄球菌、李斯特菌、大肠杆菌、沙门氏菌和真菌都具有良好的抑制作用。石斑鱼的饲料中添加可提高鱼群的免疫力，减少溶藻弧菌的感染，从而降低石斑鱼的死亡率。
细菌素是由许多细菌产生的小抗菌肽，它和抗生素区别在于，细菌素是由核糖体合成，经翻译后修饰被活化，通过主动转运的的方式运输到胞外发挥它的作用，主要通过抑制靶细胞的细胞膜来达到抑菌的效果。由于其功能单位是一组异质肽类群体，规模和结构也有很大程度上的不同。
乳酸菌细菌素大致分为4类：羊毛硫抗生素（Ⅰ类）、小分子热稳定肽（Ⅱ类）、大分子热不稳定蛋白（Ⅲ类）以及环形乳酸菌细菌素（Ⅳ类）。现普遍认为，乳酸菌细菌素抑制细菌主要通过非特异性的吸附到细胞的表面，通过细胞膜上的膜孔杀伤靶细胞，抑细胞壁的合成。大量的研究证实，将乳酸菌细菌素添加入动物饲料中，能够很明显的抑制致病菌的增生，平衡动物的免疫力来预防疾病的发生。同时还能提高公畜的精子量及存活率。还有国外研究表明，在饲喂动物的时候在饮用水中加入乳酸菌菌株，其产生的细菌素可以减少生长育肥猪因沙门氏菌感染而引起的腹泻等症状，表明乳酸菌产生的乳酸乳球菌素可以减少有害菌在肠道内的定植调节并且刺激肠粘膜发生免疫反应 。
