由于益生菌也是细菌的一种，而广谱抗生素并不能识别所有的有害细菌和有益细菌，因此，肠道益生菌也会遭到抗生素的无差别攻击，导致肠道菌群紊乱。更严重的情况在于，有些有害细菌对抗生素产生了耐药性，可以躲过抗生素的杀灭。
发展绿色无公害饲料添加剂是新时代养殖业的重要研究方向。最近几年，生物技术和微生物工业快速发展，微生态调节剂（益生菌和益生元等）开始作为抗生素的替代品添加到饲料当中，它们主要通过维持动物肠道内微生态平衡的方式促进动物生长发育，提高动物机体免疫力和生产性能，从而减少药物的使用，使动物体的药物残留大大减少。
益生菌可分为单一菌株和复合菌株，后者在生产上比较常用。不同的益生菌能发挥不同的作用，目前国家批准使用的益生菌有芽孢杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌、酵母菌等。
其中芽孢杆菌由于具有较高的蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶的活性，可明显提高畜禽生长速度和饲料转化率；乳酸菌通过发酵产生的有机酸、特殊酶系、酸菌素等物质具有特殊生理功能，可刺激组织发育，对机体的营养状态、生理功能、免疫反应和应激反应等产生作用；粪链球菌可防治动物肠道菌丛区系紊乱，有分解蛋白质为小肽、合成B族维生素等功效，还能促进养殖动物的免疫反应，提高抗体水平，增强巨噬细胞活性。
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