在水性防腐涂料中，功能性颜填料的贡献仅次于主要成膜物质。
在水性环氧防腐底漆中，应选用遮盖力好、具有化学惰性、吸油量低、耐化学品性好的环保型活性防锈颜料;填料应选用吸油量低、化学稳定性好、抗渗透性强、呈中性且能增强涂膜物理机械性能的惰性填料。
三聚磷酸铝在涂料中能够解离出三聚磷酸根离子，其含有5个活泼的氧键可以与金属阳离子交叉螯合，具有极强的捕捉金属离子的能力，能有效地封闭金属离子形成无机高分子错合体，钝化金属表面，起到化学防锈的效果。然后它再慢慢分解为致密的正磷酸皮膜，隔绝水分、氧气等与金属表面的接触，起到隔绝防锈的效果，因此它具有化学防锈和隔绝防锈的双重效果。
磷酸锌的防锈机理，具体为在损伤的涂膜位置上发生初期腐蚀而使钢铁表面产生局部阳极和阴极，这样使溶解的亚铁盐和铁盐发生水解，释放出的质子与磷酸锌作用产生磷酸和锌离子，Zn2+与金属表面Fe3+形成难溶性络合物Fe[Zn3(PO4)]沉淀，起阴极抑制剂的作用，产生阴极保护。水解出的质子同时能与涂料中的羟基、羧基络合，使颜料-漆基-底材之间形成化学结合，从而提高涂层的湿附着力和防渗性。
钼酸锌是一种环境友好型活性防锈颜料，其防锈机理是：一是钼酸离子与铁离子形成络合物，起到阳极钝化作用;二是钼酸锌水解产生相应的钼酸根，形成杂多酸，可与活性铁锈(FeOOH)生成杂多酸类的络合物，从而对铁锈起稳定作用。
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