废水的生物化学处理是废水处理系统中最重要的过程之一，简称生化处理。生化处理利用微生物的生命活动过程将废水中的可溶性有机物及部分不溶性有机物有效去除，使水体净化。与其他处理方法相比，生化法具有能耗低、药耗低、效率高、成本低等特点。
根据《污水排入城镇下水道水质标准》（CJ-343-2010）中规定，排入城镇下水道的污水水质应符合B等级（表1）的规定，其中氯化物＜600mg/L、硫酸盐＜6000 mg/L。
根据《室外排水设计规范》（GBJ 14-87）（GB50014-2006及2011年版）（附录三 生物处理构筑物进水中有害物质容许浓度）的规定：氯化钠容许浓度为4000mg/L。
1、导致微生物脱水死亡
盐浓度较高的情况下，渗透压的变化是主因。细菌的内部是一个半封闭的环境，必须与外部环境发生对其有利的物质与能量交换才能维持其生命活性，但也必须阻止绝大部分的外界物质进入，以避免对细菌内部的生物化学反应造成干扰。
盐浓度增加，导致细菌内部溶液浓度低于外界，又因为水从低浓度向高浓度移动的特性，导致细菌体内水分大量流失引起其内部生物化学反应环境变化，最终破坏其生物化学反应进程直至中断，菌体死亡。
2、使微生物物质吸收过程受干扰阻断死亡
细胞膜具有选择透过性，可过滤对细菌生命活动有害的物质，吸收对其生命活动有益的物质。而这个吸收过程受外部环境的溶液浓度，物质纯度等情况直接影响，盐的加入导致细菌的吸收环境受到干扰或者阻断，最终引起细菌生命活性受到抑制甚至死亡。这种情况因细菌个体情况，品种情况，盐的种类及盐的浓度差异较大。
3、使微生物中毒死亡
有些盐会随着细菌的生命活动进入细菌内部，破坏其内部的生物化学反应进程，有些会与细菌的细胞膜发生作用，导致其性质转变而不再起到保护作用或者不再能吸收某些对细菌有益的物质，进而导致细菌的生命活性受到抑制或者菌体死亡。其中以重金属盐为代表，一些杀菌方法引用此原理。
1、活性污泥的驯化
在盐度小于2g/L条件下，可通过驯化处理含盐污水。通过逐步提高生化进水盐分，微生物会通过自身的渗透压调节机制来平衡细胞内的渗透压或保护细胞内的原生质，这些调节机制包括聚集低分子量物质来形成新的胞外保护层，调节自身的代谢途径，改变基因组成等。
因此，正常活性污泥可以在一定盐分浓度范围内通过一定时间的驯化处理高盐废水，虽然活性污泥通过驯化可以提高系统耐盐范围，提高系统的处理效率，但是，驯化活性污泥中的微生物对盐分的耐受范围有限，而且对环境的变化敏感。当氯离子环境突然变化时，微生物的适应性会立刻消失。驯化只是微生物适应环境的暂时生理调整，不具有遗传特性。这种适应性的敏感对污水处理很不利。
活性污泥的驯化时间一般为7-10d，驯化可提高污泥微生物对盐浓度的耐受程度，驯化初期活性污泥浓度减少，是由于盐溶液的增加对微生物产生毒害，使部分微生物死亡，表现为负增长，在驯化后期适应了改环境的微生物开始繁殖，故活性污泥浓度增多。以1.5%、2.5%的氯化钠溶液中活性污泥对COD的去除情况为例，驯化初期与驯化后期COD去除率分别为：60%、80%和40%、60%。
2、稀释进水
为降低进生化系统盐分的浓度，可将进水进行稀释，使盐分低于毒域值，生物处理就不会受到抑制。它的优点是方法简单，易于操作和管理；缺点是增加了处理规模、基建投资和运行费用。
3、选择耐盐菌
耐盐菌是一种可以耐受高浓度盐分细菌的总称，工业中多为筛选富集的专性菌种，目前最高盐分可以耐受5%左右，可以稳定运行，是高盐废水的一种处理生化手段。
4、选择合理的工艺流程
针对不同浓度的氯离子含量选择不同的处理流程，适当选择厌氧工艺流程来降低后序好氧段的耐受氯离子浓度的范围。
盐度大于5g/L时，蒸发浓缩除盐是最经济也是最有效的可行办法。其它方法如培养含盐菌等方法存在工业实践难以运行的问题。
