五、根瘤菌剂
根瘤菌剂是将豆科作物根瘤内的根瘤菌分离出来，加以选育繁殖制成的产品。它是迄今研究最早、应用最广泛、效果最稳定的微生物肥料。研究和应用的主要根瘤菌剂是花生根瘤菌、大豆根瘤菌、豌豆根瘤菌、苜蓿根瘤菌，利用根瘤菌与豆科植物共生，使植物根毛弯曲而形成根瘤来进行固氮作用。近年来，从花生、大豆、绿豆、牧草、羽扇豆、金合欢、紫穗槐等植物的根瘤中选育出许多优良菌种，并已生产出多种根瘤菌肥。实践证明，根瘤菌的作用效果显著，但根瘤菌只与豆科作物结瘤共生，而且根瘤菌的菌株只能感染一定的豆科植物，共生关系具有专一性。
根瘤菌剂还包括复合根瘤菌剂，指以根瘤菌为主，加入少量能促进结瘤、固氮作用的芽孢杆菌、假单胞细菌或其他有益的促生微生物的根瘤菌肥料，称为复合根瘤菌剂。适宜于中性和微碱性土壤，多用于拌种；主要用于豆科作物接种，使豆科作物结瘤固氮。
六、固氮菌剂
固氮菌剂是指能自由生活的固氮微生物为菌种生产出来的菌剂，它含有大量好气性自生固氮菌，不与高等植物共生，能独立生存于土壤，固定空气中的氮气，利用土壤中的有机质或分泌物作为碳源，将其转化为植物可利用的化合态氮素。按其菌种及特性分为：自生固氮菌，如固氮菌属、固氮单胞菌属；根际联合固氮菌，如巴西固氮螺菌、阴沟肠杆菌等。固氮菌剂适合于中性或微碱性土壤，酸性土可用石灰调节酸碱度后施用；适用于各种作物，特别是禾本科作物和蔬菜中的叶菜类作物，常用作拌种，可作基肥、追肥；不宜与过酸、过碱肥料或杀菌农药混用。
七、硅酸盐菌剂
硅酸盐菌剂主要是利用硅酸盐细菌，如胶质芽孢杆杆菌等有效菌制成的活体微生物制品。它是从土壤中分理出的一种细菌，能够分解伊利石、钾长石、磷灰石等不溶性的硅铝酸盐无机矿物质，促进难溶性的钾、磷、硅等养分元素转化成可溶性养分，增加土壤中速效养分的含量。硅酸盐细菌又称为钾细菌，是目前微生物肥料中广泛应用的一种重要功能菌。解钾细菌能将土壤中的不溶性钾素溶解并供植物吸收，并且会将施入土壤中一时用不完的钾吸收，避免可溶性钾肥遇到大雨冲刷或大水浸灌时流失，大大提高钾肥的利用率，具有溶钾、保钾及保肥的功能。有的钾细菌除了解钾和保钾功能外，还能分泌一定的植物激素和小分子营养物质，促进生长、保花保果，提高作物品质。
硅酸盐菌剂适合于作基肥，与有机肥混施覆土；也可用于拌种，加适量水制成悬液喷在种子上拌匀；还可用于蘸根，蘸后立即栽植避免阳光直射。
八、溶磷菌剂
溶磷菌剂是既能把土壤中缓效态的磷转化为能被作物直接吸收利用的有效态磷，又能分泌激素刺激作物生长的活体微生物制品。溶磷菌能利用微生物在繁殖和代谢过程中产生的乳酸、柠檬酸等低分子有机酸和植酸酶类物质，使固定在土壤中的无机磷酸盐溶解、有机磷酸盐矿化或将难溶性磷酸盐类变成可溶性磷，供植物吸收利用。如芽孢杆菌属、假单胞菌属、氧化硫硫杆菌、AM菌根菌、节杆菌属、胞杆菌属。其中，发现最早、溶磷效果最好、应用最广泛的解磷巨大芽孢杆菌。可用于拌种，随用随拌；用作追肥时，宜在作物开花前使用。
溶磷菌剂根据分解底物不同可分为：有机磷菌剂和无机磷菌剂。有机磷菌剂是指在土壤中能分解卵磷脂、核酸、植素等有机态磷化物的有益微生物发酵制成的活体微生物制品；无机磷菌剂是指能把土壤中惰性的、不能被作物直接吸收利用的无机态磷化物，溶解转化为作物可以吸收利用的有效态磷的活体微生物制品。
解磷细菌一般还具有降解有机磷的作用，减少含磷农药的农药残留毒性。并有促进微量元素吸收的功能，能大大提高磷肥的有效性和植物对微量元素的需求。
九、光合菌剂
光合菌剂主要是用光合细菌制成的活体微生物制品。光合细菌是指能利用小分子有机物合成作物所需的养分，并产生促生长因子，激活植物细胞的活性，使植物提高光合作用能力并增加产量的一类细菌。光合细菌具有固碳、固氮、氧化分解硫化物和胺类等有毒物质、改善水质、分解有机质、抗病的生理生态特征。光合细菌在农作物上施用具有独特功效，比其他微生物肥料更具有综合效应；不但能作种肥，固定氮气生成氨，同时还能与其他根瘤菌联合固氮，甚至在黑暗条件下能分解许多有机化合物，促进土壤、肥料中某些养分有效化，从而改善土壤结构和养分状况；且富含生理活性物质，进行叶面喷施，可改善植物营养，增强植物生理功能和抗病能力，从而起到增产和改善品质的作用。
十、菌根菌剂
菌根菌剂主要是用促生菌制成的活体微生物制品。促生菌是自由生活在土壤或附生于植物根基的一类可促进植物生长、防治病害、增加作物产量的有益菌类。植物根际促生菌简称PGPR，又名增产菌或多效菌剂。主要作用是分泌植物促生物质、促生豆科植物结瘤、促进植物出芽、对土传病害进行生物调控；可使寄主植物更好的摄取移动性弱的养分元素，扩大根的吸收面积，保护根部免受病原菌的侵袭，产生阻抑其他微生物的类似抗生素的物质等。植物根际促生菌既可单独使用，也可与其他微生物肥料复合实用，使促生、肥效作用更好的结合起来，以提高和加强应用效果。PGPR中尤其以荧光假单胞菌中的某些菌株和芽孢杆菌属的某些菌株效果最明显，用它们处理种子，对防治水稻纹枯病、稻瘟病、小麦全蚀病、猝倒病、棉花枯萎病及蔬菜的根腐病效果显著。
十一、有机物料腐熟剂
有机物料腐熟剂是指能加速各种有机物料（包括农作物秸秆、畜禽粪便、生活垃圾及城市污泥等）分解、腐熟的微生物活体制剂。按腐熟对象可分为农作物秸秆腐熟剂和畜禽粪便腐熟剂，其中前者要求纤维素酶活性≥30.0U/g（ml），注重降解纤维素的效果；后者要求蛋白酶活性≥15.0U/g（ml），注重降解蛋白质的效果。按产品形态的不同可分为液体剂、粉剂、颗粒剂三种剂型。其中液态产品要求有效活菌数≥1.0亿个/ml；粉剂、颗粒剂产品要求有效活菌数≥0.50亿个/g。
有机物料腐熟菌是不致病的微生物，含有一种或多种能降解纤维素、木质素、蛋白质等大分子的酶类。在适合的温度和湿度下，附着于秸秆表面的腐熟菌，分泌纤维素酶，将纤维素分解成小分子的葡萄糖，并吸收这些糖类进入菌体细胞称为进一步繁殖所需要的能量和组成新菌体的物质。腐熟菌分泌的木质素酶分解木质素，土壤中的微生物利用木质素分解产生的小分子物质合成腐殖酸。腐熟菌分泌蛋白质酶将蛋白质分解为小分子的氨基酸，可以直接被植物吸收。微生物菌体分泌不同酶分解秸秆中的大分子物质形成葡萄糖、氨基酸等小分子物质时，还会产生许多含碳中间产物，小分子量的可以被植物直接吸收，这些能被吸收的含碳物质常被俗称为“碳肥”。
