一、微生物肥料存放要求
微生物肥料保存一般都要求存放于阴凉干燥处，避免日光暴晒。具体保存温度在0-15℃范围内菌含量变化不大。固体制剂在0℃以下也没有影响。
二、选用微生物肥料的基本原则
选用微生物肥料的基本原则是因地制宜，选用与环境和作物品种匹配的微生物肥料。在使用微生物肥料的过程中，应充分考虑农艺操作符合相应微生物的生理要求，充分发挥其作用。
选用微生物肥料时具体应注意如下事项：
1、施用微生物肥料必须提供一定的有机质，有机质是微生物赖以生存的粮食。有机质高的土壤施用微生物肥效果显著，缺乏有机质的土壤单独施用微生物肥效果欠佳。微生物肥应和一定数量的有机肥一同施用，或微生物肥料的载体就含有供微生物生长的有机质。
2、针对微生物肥不同品种，采用不同的农艺措施，以获得期望的有针对性的施肥效果。例如氮素高的土壤施用固氮菌、根瘤菌，其效果不够明显。含铝、铁、钙高的土壤单独施用可溶性磷肥效果不好，施用磷细菌肥料，可显著改善可溶性磷肥的使用效果。总磷含量高、有效磷低的土壤使用磷细菌肥料，再配施一定的有机肥，连续不施可溶性磷肥，也不会出现缺磷症状。为了提高化学钾肥的利用率，配施一定量的生物钾肥可大幅节约化学钾肥施用量，并带来大幅改善作物品质的效果。
3、施用方式需得当。随不同作物和不同生育期选用不同的施肥方式和不同的菌肥种类。蘸、喷、灌、撒、随播种机播施等不同施肥方式，要选用不同剂型的微生物肥。例如拌种、蘸苗、喷施宜用液态剂型，机播宜用造粒剂型，条施、撒施、大棚用不造粒剂型即可。
4、施用环境必须有一定的湿度和合适的温度。施用微生物肥后遇曝晒天气，蒸腾强烈又缺水灌溉的田块往往效果欠佳。
5、除产品说明书上注明的可相容的农药外，不能与杀菌剂、消毒剂等农药共同使用。
6、依作物与土壤特征选用。如不以作物生物量为主要生产目标，而以作物次生代谢物为重要生产目标的作物，如茶叶、烟叶、中药材在氮的施用形式上多考虑，选用控氮效果好的微生物肥就很有意义，不致因速效氮太高而造成缺少有效成分的枝叶疯长。
7、使用过程注意不能曝晒。如果是喷施最好在上午9点以前和下午5点后，喷后如遇大雨，应雨后补喷。由于叶子正面多蜡疏水，背面多孔，喷施于叶背面比正面效果好。
8、不要追求与高浓度化肥配施，既浪费，效果也不佳，其微生物效果难以充分发挥。
