一、微生物肥料的生产方式
不同种类的微生物肥料生产和不同产品剂型对设备和工艺要求存在差异。生产微生物肥料过程中，关键是功能菌的发酵增殖扩繁环节，并以此来区分微生物肥料的生产方式。常采用的有液体发酵、固体发酵和液-固两相发酵3种生产方式，与之相应的设备配备要求也不同。
1、微生物的液体发酵方式
这是微生物工业化扩繁的主要方式，尤其适合细菌类和酵母类等单细胞微生物为菌种的扩繁。其特点是生产效率高，自动化程度高，质量可控，但投资较大。配备的主要设备是发酵罐、空气过滤设备（空压机）、热动力设备（锅炉、烘干、灭菌设备）等。最常用的是采用三级发酵扩繁模式来获得高产率，对应的发酵罐为种子罐（一级罐）、放大罐（二级罐）和生产罐（三级罐）。
生产液体型的微生物肥料产品，一般需要在发酵罐出来的发酵液（经检验菌含量合格，杂菌率在标准要求控制值下）中，添加保护剂或其他可与微生物共存的物质，在洁净条件下分装。如果是生产粉剂微生物肥料产品，在发酵液中加入适宜的经灭菌吸附剂载体，用混拌设备均匀混合后分装。如果是颗粒型产品，需要在不破坏微生物菌体的条件下（尤其是温度），通过圆盘等设备造粒。
2、微生物固体发酵生产方式
真菌和多数的放线菌适合采用固体发酵方式扩繁，其特点是设备较简单，投资较小，产品的保质期较长，但生产周期较长，生产效率低，自动化程度较低。固体发酵可在发酵床，或是发酵房、发酵桶中进行，其主要条件是能调控温度（加热装置）和调节通气。固体发酵后直接分装或经粉碎后装袋，或造成颗粒剂型产品。发酵原料的灭菌和需要大量的劳动力是限制其大规模发展的原因。
3、液-固两相发酵生产方式
这种方式是先进行液体发酵，再将其接种到固体基质中发酵。液体发酵的目的是为后续的固体发酵提供扩繁菌种，因此液体发酵一般只采用一级发酵，其设备要求参见第一种方式。固体发酵条件和要求同上述第二种生产方式。目前，多数的真菌和多数的放线菌产品采用这种方式。要求生产者掌握液体发酵和固体发酵技术。
二、用于微生物肥料生产的优良菌种具备的6个特性
1、功能性
菌种的功能性是指菌种具有提供或活化养分功能、产生促进作物生长活性物质的能力、促进有机物料腐熟功能、改善农产品品质功能、增强作物抗逆性功能、改良或修复土壤六方面的功能。
2、生产性
菌种的生产性能要求易于工业化扩繁，生产成本在可控范围内。
3、互作性
菌种的互作性能是指产品菌株间互不拮抗、功能互补，且能主动参与土壤间养分转化等。
4、协同性
菌种协同性指菌株与植物间的亲和性，菌株能充分利用植物分泌物生长繁殖。
5、生态适应性
菌种的生态适应性包括菌株在环境中的耐酸性、耐碱性、耐盐性和耐干燥性的能力。
6、安全性
菌种安全性要求菌株对人、动植物和其他生物、土壤不存在安全风险。
三、如何保持生产菌种的优良性能？
1、不同菌种的遗传稳定性是不一样的。在确定生产菌株时就要注意选用遗传性稳定的菌株。
2、微生物在分裂繁殖过程中会有DNA复制，而DNA复制不可避免的存在一定频率的错误，导致变异的出现。针对这一点，要尽量避免过多的繁殖传代。一般用真空冷冻干燥或超低温甘油保存。
3、在日常菌种活化和短期冰箱保存时要避免用营养非常丰富的培养基，经验表明，微生物在营养丰富的培养基上生长更容易丧失致病性或其他活性。最好用营养相对贫瘠的培养基保存菌种。
4、对于能够产生休眠体的微生物，如芽孢杆菌、真菌，尽量取孢子进行保存。
5、对于不产芽孢或孢子的微生物，在保存时要取对数生长后期至稳定期的菌体作为保存对象。对数生长期菌体的抗逆性不如稳定期菌体的抗逆性强。
四、微生物肥料所用载体
1、无机载体：如硅藻土、沸石粉、矿石粉、膨润土、中性黏土等。
2、有机载体：麸皮、秸秆粉、酒糟粉、淀粉以及发酵腐熟充分的有机肥等。
3、有机无机混合型载体：最典型的就是泥炭。
