五、农用微生物菌剂的选用原则
选用原则是：不能使用含有对植物、畜禽、养殖人员和栽培人员有害的菌剂，也不宜使用含有对人畜禽类的条件致病菌。
微生物肥料菌剂要求生态适应性强的菌剂，在恶劣环境中生存力强，繁殖力旺，最好还有促进植物生长功能和抑制病原菌功能。例如枯草芽孢杆菌常常被选为主题菌株。秸秆还田地块宜选用纤维素酶和木质素酶活力高的菌株。
微生物菌剂的选用原则还需结合土壤环境、气候变化、作物品种、植被、秸秆抗性以及耕作方式。
结合土种特征。了解当地土壤的实际情况。主要观察土壤持水保肥能力，有机质含量，酸碱性，如能测定土壤氮、磷、钾含量则更有针对性。
贫瘠的土壤应同时使用有机肥和微生物菌剂，特别是沙化或板结的土壤。这类土壤在有机肥供应充足的情况下，施用质量保证的任何一种微生物制剂都有良好的效果。
盐碱土上使用微生物菌剂同样要与大量的有机物如秸秆同时施用，以耐盐碱能力强的芽孢杆菌菌剂为好。
有机质含量高的如长期不见阳光的大棚，应加大微生物菌剂的用量，可视情况不必配施有机肥。大量使用有一定抗性的微生物菌剂如芽孢杆菌、放线菌还可抑制土传病害。
不施用化肥的林木、牧草生产区，使用根瘤菌剂效果显著。
大量秸秆一次性原位还田的，除了同时配施少量氮肥调节碳氮比外，应选用纤维素酶降解能力强的微生物菌剂，如含真菌类与芽孢杆菌类的复合菌剂，加速上茬根茎叶分解。
高纬度的低温地区应在收割后抓紧施用耐低温的秸秆腐熟剂，开春后可随春播一同施降解纤维素、促生长的芽孢杆菌类微生物菌剂，对于土壤沙化严重的并以秸秆原位还田的地区很有必要。
春季阴雨连绵，光照不足的南方多雨地区，结合腐熟有机肥施用多功能的复合菌剂，可以减少因光照不足引起的缺碳黄化。
保花保果类作物应配合施含有荚膜多糖，并能合成植物激素的胶质类芽孢杆菌微生物制剂。
微生物菌剂的使用必须注意土壤水分的供应和温度的保持，即使应用低温菌种，在土壤温度低于10℃时，也难有显著效果。
使用多功能菌种是一种有效的选择，如有些硅酸盐菌剂既有固氮功能，又可溶磷溶钾，还能合成有益的植物激素。
南方红黄壤缺可溶性磷钾，就可以选用溶磷和解钾保钾效果好的磷细菌、胶质类芽孢杆菌。北方盐碱土多，就可选用枯草芽孢杆菌类的菌剂。牧草种植区很少施肥，就可施固氮能力强的根瘤菌剂，非常有效。在长期施用化肥，造成土壤板结或沙化的地区，宜同时施用有机肥，使得施入田中的菌肥有充足的能量，用于增殖和代谢。
