首先是“阿米巴的组织划分”。在阿米巴经营中如何分割组织、营造阿米巴，这是成功的关键。这里也有三个要点。
第一，“部门的收入和费用必须清晰，必须是一个可以独立核算的单位”。也就是说，这个部门收入是明确存在的，而且为了获得这种收入，它的费用也是很明确的。划分组织要满足这个条件。
管什么组织，它的费用是可以弄清楚的，但收入就不一定。有的部门收入不易看清，有的部门没有收入。要进行独立核算，买卖关系必须清晰，能够进行收支计算。有收入，费用也能明确把握，这是划分阿米巴的第一个要点。
第二，“作为一个事业能够独立完成”。换句话说，具备作为一个独立的公司应具备的功能。阿米巴长是作为经营者用独立核算的办法经营他的阿米巴。阿米巴作为一个事业能够独立完成，阿米巴长作为经营者可以通过钻研创新，切实感觉到工作的价值，否则划分阿米巴就没有意义。
我想以精密陶瓷的生产工序为例做说明。前面已提到，精密陶瓷的生产工序首先是调制原料的原料工序；接着是将原料粉末压制成希望的形状，即成型工序；然后是将成型后的半成品在高温中烧结的烧制工序；最后是将烧制的半成品打磨，也就是精加工工序。
京瓷在生产部门划分的阿米巴，最初就是其中的原料工序。开始时，要把精密陶瓷的原料调制工序搞成阿米巴，进行独立核算，对照“作为一个事业能够独立完成”这一条件，我曾担心这是否划得太细了。
但是，日本有专门调制陶瓷原料然后销售的公司，它们向京瓷这样的陶瓷企业提供调配好的原料。如果仅仅调制原料就能成为一个公司，那么京瓷设法低价购进原料，将其调配好后卖给下道的成型工序，作为一个事业应该能够成立。基于这种考虑，就将原料工序作为一个阿米巴，让它独立经营。
下面的成型工序、烧制工序、精加工工序，只靠收取加工费就能经营的中小企业，实际上日本有很多。它们利用客户的设备和原材料进行加工，只收取加工费，事业照样能成立。因此，京瓷的这些部门从原料部门购进原料，然后成形、烧制、精加工，进行销售，它们都可以进行独立核算。基于这样的思考，我让这些部门都作为阿米巴独立核算。
这样，将组织细分到作为一个独立的事业能够成立的状态，这就是阿米巴组织划分的第二个要点。
第三，“能够贯彻公司原本的整体的目的”。有这样一种情况，即使满足了能进行独立核算的组织这个条件，但让这个组织作为阿米巴独立，反而会破坏公司整体一贯的经营方针，这时就不能让它独立成为一个阿米巴。
如果阿米巴细分的结果使本应协调一致的功能变得支离破碎，那就无法达到公司的整体目的。因此，这样的阿米巴就不应该让它成立。
比如销售部门，随着订单和销售的增加，组织逐渐变大。这时将销售部门进一步细分，分成接受客户订单的部门、给客户送货的部门、开出账单回收资金的部门，从独立核算的角度看，这样的划分是可能的。但是，这样做，作为销售部门就不能给客户提供从头到尾的完整的服务。与客户做生意，某个部门只管拿订单，这行不通。还有交货期管理，有送货、应对客户投诉、回收资金等工作。如果这些工作分别由其他阿米巴担当，就无法满足客户的要求。
因此，阿米巴并不是能分就要分。阿米巴的划分必须有利于贯彻公司整体的方针和目的。同时，重要的是，阿米巴不是一次划分完以后就万事大吉了。经营者必须随时观察现在的阿米巴组织是否适应事业的环境，以便需要时做出调整。
现有的阿米巴进一步细分，或者相反，细分过头的阿米巴重新合并，这些都必须根据情况经常审视和调整。制造部门也好，销售部门也好，阿米巴组织如何划分是一个非常重要的问题。这点上失败了，“阿米巴经营”就失去了意义。从这个意义上讲，“阿米巴组织如何划分，这既是“阿米巴经营”的开始，也是“阿米巴经营”的终结。
在“阿米巴经营”的实践中，还有一点注意，那就是“阿米巴之间的定价”。
各道工序的阿米巴组织设定后，各阿米巴之间就要进行买卖，就必须决定各阿米巴之间的买卖价格。但是，因为各个阿米巴都要尽力提高自己阿米巴的核算效益，所以这个阿米巴之间的定价对“阿米巴经营”来说就非常重要，而且也非常困难。
这是因为，阿米巴之间的买卖价格并没有客观的标准。尽管有一个卖给客户的最终价格，但工序间的买卖价格却没有任何客观的基准。
那么，怎么来决定阿米巴之间的卖价呢？首先，某产品的订单决定后，通过从它的最终价格向前倒推，来决定各道工序的价格。这一产品以这一价格卖给客户，那么最终的检验工序的价格是多少，精加工工序价格是多少，一直推到原料工序，这样来决定各道工序间的价格。
这时候，某个部门并没有付出特别的劳力，却因定价高，很轻松就能盈利，而别的部门费工费时，却因定价过低，不管怎样努力，依然亏损。这样定价就不公平。对阿米巴之间的定价做出判断的人必须公正无私，具备让各方接受和认可的见识。
对阿米巴之间的定价做出判断的人，必须掌握哪个部门会发生多少费用，需要多少劳力，产品技术上的难度如何等。同时还要能够对照社会常识，让有关工序在正常情况下都能盈利，必须这样来定价。
所谓社会常识，就是有关劳动价值的常识。例如，销售电子设备，毛利一般是多少；用临时工，日工资是多少；这项作业如果让外面做要花多少钱等。这些常识都要知晓。
各个阿米巴之间的定价，要由对各个阿米巴的工作内容相当了解的领导人，根据社会常识，考察各阿米巴的费用和劳动力，决定适宜而公平的价格。这是一项非常困难的工作，同时也是一项非常重要的工作。
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阿米巴经营把企业划分为若干个小的单元，以产品的市场价格为基础，通过公司内部市场化交易直接把市场价格引入到各个阿米巴开展生产活动，定价的原则是从最终售价倒推来决定各道工序的价格。在培养巴长领导力的同时，在企业内部增加关心经营、有经营意识的员工数量，从而达成人人成为经营者。
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