对于企业购进农产品抵扣进项税，一共有两种抵扣方式：凭票抵扣与核定抵扣，各有各的特殊规定。此外，对于农产品的加计抵减政策只能在领用时进行加计扣除。采购进来当时不可以做加计抵减。
凭票抵扣：四种凭证，四种抵扣方法
1、四种抵扣凭证
2、四种抵扣方法
注意：
1、免税的普通发票，或者取得了3%征收率的普通发票，都是不能抵扣进项税的。
一、农业生产者销售自产初级农产品（《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条）；
二、农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品（财税〔2008〕81号）；
三、制种企业在特定生产经营模式下，生产销售种子（国家税务总局公告2010年第17号）
四、从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜（财税[2011]137号）
五、从事农产品批发、零售的纳税人销售部分鲜活肉蛋产品（财税[2012]75号）
六、采取“公司+农户”经营模式销售畜禽（国家税务总局公告2013年第8号）
上述六种可开具农产品免税发票的情形中，第一、二、三、六种均视为农业生产者销售自产的农产品，取得这四种免税发票，可以按农产品销售发票计算抵扣进项税。而取得第四、五种情况的免税发票，不能计算抵扣进项税。
2012年7月1日开始，在全国范围内，以农产品为原料生产液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人实行了农产品进项核定抵扣（依据：财税【2012】38号文）；此外，每个省选的农产品可能存在不一样，不统一。
A：购进农产品直接销售，2019年4月1日以后，当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价×9%/（1＋9％）。
注：耗损率非国家统一规定，为企业实际发生的损耗。
B：购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（13%税率）：
当期可抵扣进项税=农产品单耗数量×当期销售数量×当期收购单价×10%÷（1+10%）。
购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（9%税率）：
当期可抵扣进项税=农产品单耗数量×当期销售数量×当期收购单价×9%÷（1+9%）。
