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数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展

数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展 汇光生物
2020-12-25
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导读:中国计量科学研究院,李亮、隋志伟、王晶、臧超、余笑波 qPCR 主要依赖于校准物制备的标准曲线,进而确定未知样品的浓度,因此......
数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展


         中国计量科学研究院,李亮、隋志伟、王晶、臧超、余笑波 qPCR 主要依赖于校准物制备的标准曲线,进而确定未知样品的浓度,因此是一种相对定量的方法。该技术存在以下问题:

01

校准品和样品间背景的不同将引入偏差,并且影响 PCR 的效率和测量响应;


02

低拷贝数的目标 DNA 分子不能通过扩增检测到;


03

样品的 PCR 扩增效率可能与校准物的扩增效率不同;


04

DNA 提取时引入 DNA 溶液的杂质或者 DNA 降解影响了 PCR 动态扩增过程。



dPCR 是一项检测和定量核酸的新技术

01

     它不同于传统的 qPCR,因为采用直接计数目标分子数而不依靠任何校准物或外标dPCR 通过计数单个分子从而实现绝对定量。dPCR 将传统 PCR 的指数数据转换成数字信号,仅仅通过显示程序设定的循环数后扩增是否发生, 即可克服上述困难,达到核酸的绝对定量。

02

     dPCR 在进行扩增反应前,将含有 DNA 模板的 PCR 溶液稀释后分布到大量的独立反应室,单分子间通过稀释分离,并且独自进行 PCR 扩 增,最后分析每个扩增产物。这实现了通过先于 PCR 扩增的样品分离。这种样品的分配可以消除本底信号的影响,提高低丰度靶标的扩增灵敏度,简单计算出 DNA 的模板拷贝数而不需要采用参考标准物或者外标。

03

     准确的定量依赖于 40~45 个循环的扩增,错误的阴性检 出水平(单 DNA 模板出现在反应室而未被检出) 非常低。数字 PCR 是一项具有可重复性的定量微量 DNA 分子的优良技术。其操作方便、检测通量高、特异性强、灵敏度高、定量准确 等优点使其成为了分子生物学研究中的重要工具

04

     Yung 等开发了一种关于非小细胞性肺癌患者血浆和肿瘤中的两种 EGFR 突变体( 第 19 外显子内缺失和第 21 外显子 L858R 突变) 的 dPCR 定量检测方法。第 19 外显子内缺失和第 21 外显子 L858R 突变占酪氨酸激酶突变响应的 85% 以上。实验结果表明这两种突变在预治疗的 35 个血浆样品分别检出 6 个(17%)和 9 个(26%)。与肿瘤细胞的测序结果相比,血浆EGFR 突变的灵敏度和特异性是 92% 和 100%


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