为了有效控制病原微生物入侵，控制传染源，切断传播途径，确保猪群的安全，规模化猪场必须严格做好日常消毒工作，制定切实可行的消毒方案。
(一)非生产区消毒
猪场入口处必须设立门卫、消毒室、车辆消毒池。消毒池的长度为进出车辆车轮2个周长以上，消毒池上方要建顶棚，防止日晒和雨淋。最好设置喷雾消毒装置，对车辆车顶及车身进行消毒，并有人专职负责管理。
1.人员消毒：凡需进入养殖场的人员(参观人员、工作人员等)，必须走专用消毒通道，并按规定消毒
(1)体表消毒：在入口消毒室人员出入通道必须设置消毒装置，如紫外线灯、高压喷雾消毒装置等。紫外线消毒成本低，但对人体可能有害，有时因紫外线灯管安放位置不合理，影响消毒效果。高压喷雾消装置效果比较确实，在人员进人通道门时，即可进行喷雾，使通道内充满消毒剂气雾，人员进入后全身黏附一层薄薄的消毒剂气溶胶，能有效地阻断外来人员携带的各种病原微生物。
(2)鞋底消毒：人员出人通道地面应做成浅池型，池中垫入有弹性的室外型塑料地毯，消毒药随时适量添加，保持水位，每天更换一次消毒剂3～4月更换一次。
(3)手消毒：大门消毒室设置洗手盆，凡进入猪场的人员必须洗手消毒，消毒盆每天更换一次。
2.车辆消毒：除饲料运输车辆外，其他社会车辆一律不能进场。
(1)饲料运输车：进入养殖场的饲料运输车必须严格消毒，特别是车辆的挡泥板和底盘必须用消毒液充分喷透，驾驶室等也必须严格消毒。
(2)运猪车：运猪车不得进入猪场生活区;在靠近装猪台前需先经清洗、干燥和消毒后方可装载。
3.办公室及生活区环境消毒：办公室、会客室可以设置紫外线灯和臭氧发生装置，在人员离开时进行消毒。正常情况下，宿舍、厨房、冰箱等必须每周消毒一次，卫生间、食堂餐厅等必须每周消毒2次。疫情暴发期间每天必须消毒1～2次。
(二)生产区消毒
1.进入生产区人员的消毒：猪场员工和来访人员进入生产区需更换一次性的工作服，换胶鞋，如有条件，可以先洗澡更衣。洗澡更衣顺序为:外间更衣→洗澡→里间换工作衣→喷雾消毒。然后穿上生产区的胶鞋，通过消毒池(或脚踏消毒桶)，才能进入生产区。
2.生产区内部不同地面和通道消毒：生产区内部不同地面和通道主要包括入口消毒池、道路、空地、排污沟、赶猪通道、装猪台等，不同地点消毒方法亦有所不同。
(1)生产区入口消毒池：消毒液每周更换2次。消毒剂可选用烧碱、酚制剂，两种消毒剂3～4月互换一次。
(2)场内生产区道路、空地、运动场，使用高压清洗机，每周用消毒液对厂区道路、空地、运动场进行1～2次喷雾消毒，也可以每个月用烧碱和石灰水对道路、运动场定期消毒。
(3)赶猪通道、装猪台消毒每次赶猪前必须消毒，赶猪后必须清洗、消毒，以防止交叉感染，消毒剂可选用碘制剂、酚制剂、季铵盐等，每3～4个月互换一次。
3.分娩舍动物消毒
(1)母猪消毒：母猪在预产期前1周经过驱体内外寄生虫、清洗、消毒后转入分娩舍。经人工助产的母猪，必须严格用碘消毒液冲洗、消毒，灌注抗生素，以保证母猪生殖系统健康。
(2)仔猪断脐消毒：可采用不同消毒剂，涂布脐带消毒，包括碘制剂、干粉状消毒剂)等。
(3)断尾、去势等消毒：断尾、去势等手术创口直接用碘制剂反复涂抹消毒。
(4)产房带猪消毒：可以选择无毒无刺激的消毒剂，用专用喷粉机或人工将适宜浓度的消毒剂充分喷洒在产房地面、产床上。保温箱内可以撤一层爽身粉，可起到干燥、杀菌消毒、驱赶蚊蝇等作用。也可每周2次用碘制剂或过氧化物制剂喷雾消毒。夏天可直接对仔猪喷雾消毒;冬天气温较低时，向上喷雾，水雾(滴)要细，慢慢下降，仔猪不会感到寒冷，注意喷雾一定要细。
4.保育舍消毒
(1)进猪前消毒：用专用喷粉机或人为将石灰水、爽安粉充分喷洒在保育室高床、地面保温垫板上，可起到干燥、杀菌消毒、驱赶蚊绳、防止擦伤等作用。
(2)定期带猪消毒：仔猪转入保育舍1周后，每周2次用碘制剂或过氧化物制剂喷雾消毒。夏天可直接对仔猪喷雾消毒;冬天气温较低时，向上喷雾，注意喷雾的雾滴一定要适宜。
5.配种怀孕舍及公猪舍的消毒：每周2次用碘制剂或过氧化物制剂喷雾消毒。周边出现疫情时，每天一次用碘制剂或过氧化物制剂喷雾消毒。
6.采精、配种时的消毒：采精、配种时，先用清水清洗母猪外阴和公猪包皮，后用蘸有消毒药水的湿毛巾擦拭母猪外阴和公猪包皮。
7．育肥猪舍的消毒：用碘制剂或过氧化物制剂喷雾消毒，每周2次。周边出现疫情时，每天消毒一次，用碘制剂或过氧化物制剂喷雾消毒。
8.病猪(病猪隔离室)的消毒：用碘制剂或过氧化物制剂喷雾消毒，每天1～2次。病死猪最好送到专业的化制站焚烧处理，也可深埋。用生石灰和烧碱拌撒，深埋。
9.其他：出入猪舍的各种器具、推车，如小猪周转箱(车)等，必须经过严格的消毒，同时各种饲喂工具每天必须刷洗干净，定期消毒。进入生产区的药物、饲料等物料外表面(包装)也应进行消毒。对于不能喷雾消毒的药物、饲料等物料可用紫外线照射消毒(在晚上进行)，有条件的可采用密闭熏蒸消毒，物料使用前除去外包装。注射器械可用高温消毒。手术器械在使用后用消毒药水浸泡消毒，再用洁净水冲洗晾干备用。每次使用后的活疫苗空瓶应集中放入有盖塑料桶中灭菌
处理，防止病原扩散。
(三)空栏(舍)清洗消毒操作规程
空栏(舍)清洗消毒对规模化养猪场实行全进全出饲养管理十分重要，
操作步骤如下:
1.清扫：尽可能拆除及移走围栏、料槽、垫板、网架等设备:尽可能移走畜舍内所有物品:彻底清除排泄物、垫料和剩余饲料，确保清扫干浄。
2.清洗：先用消毒药水对高床、垫板、栏杆、地面、墙壁和其他设备充分喷雾湿润或浸泡，24小时后用高压水枪冲洗干净即可。对拆下的各种设备，可以先用碘制剂或酚制剂浸泡消毒，浸泡30～60分钟后，用高压清洗机冲洗干浄，晾干即可。
3.消毒：待栏舍干燥后，用消毒药水自上而下喷雾，使其充分湿润，保证空间、墙壁、地面及设备均得到消毒:墙体、地面也可以用2％的烧碱和生石灰水涂刷。
4.清除寄生虫(卵)：如上批养殖动物发生寄生虫害(球虫)较严重，必须严格清除杀灭栏舍内的寄生虫卵，特别注意清除杀灭拐角处的昆虫、螨虫、甲虫等。消毒剂可以选用一种具有多种杀虫功能的消毒剂或多种联合使用;杀虫时，可以使用菊酯类安全杀虫剂。
