一、农产品进项税额核定扣除的方法有哪些？
按照财政部国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知（财税﹝2012﹞38号）规定，生产企业农产品进项税额核定扣除有三种方法：投入产出法、成本法和参照法。
投入产出法侧重于农产品耗用数量的控制，税务机关依据国家标准、行业标准和行业公认标准，核定销售单位数量货物耗用农产品数量，纳税人根据该单耗及每月销售货物的数量、农产品的平均购进单价、农产品进项税额扣除率计算当期允许抵扣的农产品进项税额。
成本法侧重于农产品耗用金额的控制，税务机关依据纳税人会计核算资料，核定耗用农产品的购进成本占生产成本的比例，纳税人根据该比例及每月主营业务成本、农产品进项税额扣除率计算当期允许抵扣的农产品进项税额。
参照法是对新办的纳税人或者纳税人新增产品，税务机关参照所属行业或者其他相同或者相近纳税人的扣除标准进行核定。
直接销售和不构成货物实体的农产品扣除主要采取销售数量控制法核定，纳税人根据每月农产品销售数量（扣除损耗）或领用数量、农产品平均购进单价和农产品进项税额扣除率计算当期允许抵扣的农产品进项税额。
二、三种核定扣除方法的计算公式是什么？
（1）投入产出法公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率÷（1＋扣除率）
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量
平均购买单价是指购买农产品期末平均买价，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用。
期末平均买价计算公式：期末平均买价＝（期初库存农产品数量×期初平均买价＋当期购进农产品数量×当期买价）÷（期初库存农产品数量＋当期购进农产品数量）
（2）成本法公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率÷（1＋扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额÷上年生产成本
农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
（3）试点纳税人购进农产品直接销售的，农产品增值税进项税额按照以下方法核定扣除：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量÷（1－损耗率）×农产品平均购买单价×13%÷（1＋13%）
损耗率＝损耗数量÷购进数量
（4）试点纳税人购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等），增值税进项税额按照以下方法核定扣除：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×13%÷（1+13%）
农产品单耗数量、农产品耗用率和损耗率统称为农产品增值税进项税额扣除标准。
案例
【案例1】某乳制品加工企业（增值税一般纳税人）2022年5月销售1000吨巴氏杀菌乳，实现不含税收入480万元，原乳单耗数量为1.055，原乳平均购买单价为 4200元/吨以投入产出法计算其可抵扣的进项税额及应缴纳的增值税:
原乳加工成巴氏杀菌乳，2022 年5月适用扣除率为 9%。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量x农产品平均购买单价x扣除率÷（1+扣除率）=1000x1.055x0.42x9%÷（1+9%）=36.59（万元）。
应纳增值税=480x9%-36.59=6.61（万元）。
【案例2】某乳制品加工企业（增值税一般纳税人）2022年5月销售500吨酸奶，实现不含税收入350万元，原乳单耗数量为1.063，原乳平均购买单价为4200元/吨，以投入产出法计算其可抵扣的进项税额及应缴纳的增值税:
原乳加工成酸奶，2022年5月适用扣除率为13%。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量x农产品平均购买单价x扣除率÷（1+扣除率）=500x1.063x0.42x13%÷（1+13%）=25.68（万元）。
应纳增值税=350x13%-25.68=19.82（万元）。
