亚洲猪流行性腹泻病毒：对全球养猪业的威胁

亚洲猪流行性腹泻病毒：对全球养猪业的威胁

华南农业大学张桂红教授等人于2019年2月26日在Infection, Genetics and Evolution上发表了题目为Porcine Epidemic Diarrhea Virus in Asia: an Alarming Threat to the Global Pig Industry的文章。该文章讨论了PEDV在亚洲及世界主要国家存在情况，并基于2018年全球实验室提交的PEDV S基因全序列进行进化分析，阐述本轮PEDV的爆发根源地为亚洲地区。

猪流行性腹泻病毒（Porcine Epidemic Diarrhea Virus, PEDV）常可引起仔猪腹泻、呕吐和脱水，最终因导致电解质平衡紊乱，致使病猪死亡的一种腹泻病毒。PEDV自1971年流行之初即给世界养猪业造成巨大经济损失。2010年，一种新型PEDV在中国广泛流行，至今这种变异毒株已经流行于世界各国，使PEDV成为业界关注的热点。2013年这种可导致仔猪高发病率和致死率的腹泻病毒出现在美国养猪场，致使美国养猪业年损失9~18亿美元。2014年这种疾病相继在欧洲国家爆发，并造成巨大的经济损失。这种腹泻疾病的病原体PEDV是一种有囊膜的单股正链RNA病毒属于套式病毒目，冠状病毒科的α冠状病毒属的成员。全世界每年都会花费巨大的人力和财力投入到PEDV防控，但是世界各地仍然在持续不断的爆发疫情。张桂红教授这篇文章旨在基于大量PEDV序列数据进行系统进化树分析，PEDV流行趋势变化不尽相同，亚洲是PEDV爆发的高风险地区，并对全球养猪业构成巨大的威胁。

基因组监测计划对于病毒预防和控制至关重要。其中S基因编码的S蛋白是PEDV的主要抗原。S基因的变化是掌握PEDV传播和进化的至关重要部分。生物信息学分析的数据是建立在S基因的全长上，其中包括张老师实验室鉴定的（n=34）和2018年全球其他实验室提交GenBank序列（n=1041），并使用IQ-TREE软件进行最大似然法的遗传进化树分析。最大似然法的稳健性进化树通过引导辅助程序进行样品筛选采集（1000个样品）。

PEDV是在20世纪70年代在英国被首次报道，随后PEDV相继在欧洲和亚洲被发现。进化分析显示最近几十年来PEDV在欧洲和亚洲流行呈高度变化态势。然而最近几年，在这些区域中鉴定的病毒株已经进化为S INDEL株和重组毒株，而这些区域中的分离毒株先前已经划分在PEDV经典毒株大群（G1a，G1b）中。此外，进化分析结果表明亚洲是变异毒株G2大群的根源，G2大群又分为两个大的亚群（G2a和G2b）。G2a亚群主要在亚洲较为集中，而G2b亚群主要出现在亚洲和北美。

遗传系统净化树

北美PEDV疫情在近几年呈现出减弱的趋势，其中在2016-2017年间美国报告的PEDV暴发数量明显减少，这主要归因于其采取严格的生物安全措施和进行肠道反饲的结果。与北美相比，PEDV在亚洲的流行情况由于连续爆发疫情和重组毒株或新分离株的出现，而呈现出高度复杂的变异性。这表明目前许多亚洲国家采用的减毒活疫苗或灭活疫苗对猪进行疫苗接种不能提供足够的抗PEDV保护。 此外，在有效预防和控制措施执行不力的地区，病毒的再循环传播可能会增加突变率和分离毒株的稳定性。因此，很有必要参考北美地区的PEDV防控策略。

在该文的分析中阐明了PEDV的横跨大陆传播现象。从2013年到2015年鉴定的大多数美国样病毒株包括在北美最初出现的毒株作为一个单独的分支聚集在一起，最近美国的PEDV疫情一直在减少。在北美PED爆发性流行期间，包括日本、韩国、越南、泰国和中国在内的亚洲国家也报告了类似美国样毒株，并且美国样毒株一直在这些地区持续存在。据报道，PEDV具有很强的生存能力，病毒可能伴随着饲料原料进行远距离横贯大陆运输。Scott等人发现2013年美国PEDV疫情与中国饲料原料出口密切相关，喷雾干燥的猪血浆与加拿大PEDV暴发有关。亚洲是重要的生猪和猪肉出口产品源; 考虑到毒株的多样性日益增加以及感染媒介的存在，亚洲的PEDV疫情将继续对全球养猪业构成威胁。我们的研究结果表明，PEDV在亚洲的流行情况呈现出越来越复杂的趋势，并表明亚洲可能是该病爆发的根本原因。因此迫切需要有效的预防策略，敏感的监测系统和净化措施来控制正在亚洲爆发的PEDV疫情。

注：文章经过作者综合整理，部分内容来源于《Porcine Epidemic Diarrhea Virus in Asia: an Alarming Threat to the Global Pig Industry》，供大家学习、交流为目的，并向张桂红教授课题组致敬！