胃肠道（GIT）的主要功能是消化和吸收营养。同样重要的是GIT在保护宿主免受管腔中微生物、毒素和化学物质不断波动的混合物的影响，并防止不受调节的易位进入门静脉循环中的作用。为了实现这一点，GIT不断感知管腔的组成，并进行调整以支持其完整性的维护并增强营养吸收。保持健康和功能的GIT对动物能量学也很重要，因为它使用反刍动物体内20%的氧气，并占代谢和蛋白质合成活动的30%。因此，GIT所经历的变态可以影响动物体内的许多生物系统，使其功能和健康的维持在乳制品生产系统中非常重要。
关于乳制品生产系统中的GIT健康，哺乳期奶牛的消化障碍，如瘤胃酸中毒，在科学文献中占主导地位。然而，与其他牛群相比，牛犊是农场上最易受影响的动物，死亡率和发病率最高。根据北美乳制品行业最全面的调查，据估计，断奶前乳牛犊的发病率高达46%，死亡率为10%，GIT疾病是头号原因。最近在安大略省（加拿大）和明尼苏达州的商业奶牛场进行的一项调查报告，GIT感染是牛犊一生中经历的第一次疾病，其中23%的牛犊接受了腹泻抗生素治疗。在断奶前阶段，伴随着高度感染、抗生素治疗和压力，断奶是GIT本质上最显著的转变之一，并与痛不良性应激、生长抑制和GIT健康受损相关。因此，从出生到断奶这段时间是GIT面临极端挑战的时期，但对GIT发育改变的短期和长期生物学结果仍知之甚少。
一段时间以来，人们通过解剖技术和对牛犊消化液和血液代谢产物反应的分析，对GIT的生理发育进行了表征。然而，不同科学领域的进步，如高通量测序，有效地为在特定营养计划或挑战下表征GIT隔间的新能力打开了大门。除了科学技术的发展外，乳品业还经历了喂养方式的变化，从限制断奶前生长速度的限制水平牛奶喂养到接近随意或自然摄入并在断奶前产生更高生长速度的高水平牛奶喂养。这种变化无疑会影响GIT生理学、分子生物学和微生物学；然而，该领域的信息仍然匮乏，限制了牛犊生物学和管理的进一步增强。
