基因风险评估系统
在基因敲除(KO)项目进行前,评估基因的致死性很重要。今天小源来给大家分享EZ-editor™基因编辑工具之【基因风险评估系统】的保姆级教程,一键评估基因致死风险。该系统基于3000万CRISPR文库敲除数据,涵盖1400+细胞,精准辨别致死基因,让实验安全有保障!
基因风险评估系统-视频纯享版
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如果真的遇上了高风险基因的敲除,是否只有做干扰这一种解决方案呢?可以看看小源往期干货,里面给大家提供了三种解决方案哦——总是筛不到KO纯合克隆?你可能敲掉了必需基因!
举个例子—文字简略版
进入红棉基因编辑系统(https://www.rc-crispr.com),在工具栏处选择“基因风险评估系统”即可进入。在第一栏输入基因名或是基因ID,MTOR;在第二栏上输入细胞名,A549。
稍等片刻,跳转结果页面。首先是评估结果,MTOR基因在A549中敲除后评估为高风险,建议做干扰。
往下拉,我们可以看到详细的致死分数图,首先致死分数有3个界限,0分,0.5分和1分。0分代表基因敲除后完全不影响细胞生长,致死风险为0,0.5分代表基因敲除后有一半的细胞生长受到影响,致死风险为0.5(即50%),1分代表基因敲除后100%细胞会出现死亡,致死风险为1(即100%)。
MTOR基因在A549中敲除后的致死分数为0.97,代表基因敲除后97%的细胞可能出现死亡,因此这个致死风险是很高的。
当我们要做的细胞系不明确时,我们可以查看基因在某个组织或者在各类细胞种的致死分数分布,来大致判断基因敲除后致死风险。
如,MTOR基因在1400+细胞中有97.2%的细胞属于高风险,而在肺组织细胞中,有99.1%的细胞属于高风险,可以判断MTOR基因在绝大部分细胞中为必需基因,敲除后有高致死风险。
除此之外,我们会将您输入的目的基因在源井生物已完成的KO建库项目中进行检索,查看该基因是否有过基因编辑成功案例或失败案例(不限细胞)。为您提供敲除风险的参考依据。
好啦,本期基因风险评估系统的介绍就先到这里。还有什么疑问欢迎找小源交流。此外,小源还给大家准备了基因表达量评估系统、基因拷贝数评估系统、基因型分析系统等基因编辑小工具的介绍视频,欢迎大家观看噢!
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