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视频教程|一键评估基因致死风险!

视频教程|一键评估基因致死风险! 源井生物
2024-09-24
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基因风险评估系统



在基因敲除(KO)项目进行前,评估基因的致死性很重要。今天小源来给大家分享EZ-editor™基因编辑工具之【基因风险评估系统】的保姆级教程,一键评估基因致死风险。该系统基于3000万CRISPR文库敲除数据,涵盖1400+细胞,精准辨别致死基因,让实验安全有保障!



基因风险评估系统-视频纯享版

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如果真的遇上了高风险基因的敲除,是否只有做干扰这一种解决方案呢?可以看看小源往期干货,里面给大家提供了三种解决方案哦——总是筛不到KO纯合克隆?你可能敲掉了必需基因!


举个例子—文字简略版

进入红棉基因编辑系统(https://www.rc-crispr.com),在工具栏处选择“基因风险评估系统”即可进入。在第一栏输入基因名或是基因ID,MTOR;在第二栏上输入细胞名,A549

稍等片刻,跳转结果页面。首先是评估结果MTOR基因在A549中敲除后评估为高风险,建议做干扰。


往下拉,我们可以看到详细的致死分数图,首先致死分数有3个界限,0分,0.5分和1分。0分代表基因敲除后完全不影响细胞生长,致死风险为0,0.5分代表基因敲除后有一半的细胞生长受到影响,致死风险为0.5(即50%),1分代表基因敲除后100%细胞会出现死亡,致死风险为1(即100%)。

MTOR基因在A549中敲除后的致死分数为0.97,代表基因敲除后97%的细胞可能出现死亡,因此这个致死风险是很高的。


当我们要做的细胞系不明确时,我们可以查看基因在某个组织或者在各类细胞种的致死分数分布,来大致判断基因敲除后致死风险。

如,MTOR基因在1400+细胞中有97.2%的细胞属于高风险,而在肺组织细胞中,有99.1%的细胞属于高风险,可以判断MTOR基因在绝大部分细胞中为必需基因,敲除后有高致死风险。


除此之外,我们会将您输入的目的基因在源井生物已完成的KO建库项目中进行检索,查看该基因是否有过基因编辑成功案例或失败案例(不限细胞)。为您提供敲除风险的参考依据。


好啦,本期基因风险评估系统的介绍就先到这里。还有什么疑问欢迎找小源交流。此外,小源还给大家准备了基因表达量评估系统、基因拷贝数评估系统、基因型分析系统等基因编辑小工具的介绍视频,欢迎大家观看噢!


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源井生物
源井生物是一家专注于细胞基因编辑研发与生产的国际化高新技术企业,目前已为全球范围内超40个国家的科研单位和工业客户提供基因编辑技术服务与相关产品。 “让基因编辑更简单”是源井的企业目标,我们将以务实、高效、坦诚和守信的态度服务好每一位客户!
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