什么是蛋白Marker？
蛋白Marker：即蛋白分子量标准，是一些已知分子量的蛋白质的混合物，像“尺子”一样用来指示蛋白质条带的大小。在聚丙烯酰胺凝胶电泳SDS-PAGE实验中，蛋白Marker的作用主要是用来指示蛋白条带所对应的分子量大小，因此准确的判断靶标分子量的大小，所取得的实验数据才能被广泛认可；除此之外，蛋白标准还有表示转移成功或者蛋白在凝胶上的电泳程度等等的作用，所以选择正确的蛋白Marker也是Western blot实验成功的必要条件之一。
正如高速汽车大小限速以及间距限制一样
“Marker”起到了非常重要的指示性作用，
让我们的出行更加安全方便
蛋白Marker有多少种？
1.普通未预染蛋白Marker (未预染)
没有附带染料分子或者是标记分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，是早期精确判断蛋白大小必备产品。
2.预染蛋白Marker(预染)
Marker的蛋白通过与染料共价耦联，在电泳过程中或者转膜时可以肉眼直接观察到的一种蛋白分子量Marker。由纯化后的多种蛋白混合而成，由于每条Marker条带上价偶联染料，致使在电泳和转膜时可以直接观察，以此来全程检测电泳进程、评估转印效率、可靠定位目的蛋白。
3.可曝光蛋白Marker
该产品的所有条带都含有tag标签，当使用tag-HRP时可被化学发光检测最终显示在凝胶转印膜胶片或CCD 图像中
预染和非预染Marker有什么区别？
1.预染蛋白Marker的特点
预染蛋白Marker是纯化好的一些蛋白，通过与染料共价耦联后混合在一起，在电泳过程中或者转膜时可以直接观察到。
值得注意的是，预染蛋白Marker与染料共价耦联，所以在不同的缓冲条件下电泳时迁移特性可能会发生某些变化，可能导致一些偏差，所以不太适合精确定位蛋白——不过多数情况下Marker的条带未必能和我们的目标蛋白完全一样，我们得到的也不过是一种相对Marker指示的参考大小，最后都需要Western来定性，所以如果不是要区分大小相近的条带，预染Marker还是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白标准一起使用。
预染蛋白Marker又分：单色预染和多色预染，单色预染蛋白Marker通常会利用其中某些条带加倍浓度加深某些条带的粗细，来提示其大小的，方便我们快速记忆和区分各个条带的大小。而彩色蛋白Marker则用不同的颜色来区别，就更加好辨认啦。而且如果沉闷的电泳实验中跑出多彩的彩虹Marker，此时心情想必会愉快一些！
2.非预染蛋白Marker的特点
是几种已知分子量并纯化好的蛋白质预混液，方便不同大小的蛋白比较。非预染的Marker使用上不如预染Marker好用，因为电泳过程中完全看不到，电泳结束后经过蛋白染色后才能起指示作用，无法在实验过程中起预示参照作用，属于“后知后觉”型的。但是由于蛋白没有附带染料分子或者是标记分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，所以比较准确，可以精确判断蛋白大小。
预混的Marker通常有几条带加倍浓度作为指示，因为混合的条带越多，越不好记，谁知道哪条是那条！数到眼都花了。所以当看到特别浓的那几条标志带就记得是哪里了。不过要记得，小带通常都不那么容易看清楚的。在选择上来说，当然是选择其中至少有一条条带和自己的目的蛋白大小相近的最好，越近越好。
预染蛋白Marker与未预染蛋白Marker的对比图
图源：https://baijiahao.baidu.com/s?id=1725716224264961695&wfr=spider&for=pc
使用蛋白Marker应该注意的事项
对于此预染marker的一些使用建议和注意事项，供参考
1.由于marker中含有SDS，其在低温下易析出，因此marker在上样前，需要在室温进行回温(如20-25度回温5-10分钟)，并在上样前要充分混匀(如用Vortex混匀):避免低温操作，可有效减少异常条带的出现；
2.切勿煮沸或高温孵育预染marker，导致标准品中的蛋白质降解；
3.上样时使用无蛋白酶的吸头(如高压灭菌过的吸头)进行上样，避免外源引入蛋白酶造成marker降解；
4.上样时每次换新的枪头，避免反复使用同一支Tip，以免造成污染；
另外，如果实验室大多人同时使用一管蛋白Marker, 因为每个人的使用习惯无法控制，建议可以先分成小管，就不会一次污染一整管造成浪费；
5.在低浓度凝胶(< 10%)中，marker中的低分子量蛋白可能随染料往前端迁移；
6.进行Western blotting时，Marker中的大蛋白(>100K)可能需要更长的转膜时间或更高的转膜电压。
使用蛋白Marker的常见问题及解决方案
条带会消失不见?或Marker蛋白高分子量跑不见了?
1.很有可能是蛋白marker遭到蛋白酶污染而造成降解:可能是跑胶缓冲液遭受蛋白酶(proteinase) 污染，或是buffer重复使用太多次，导致长菌以致于有蛋白酶存在，或是上样时反复使用同一支Tip。解决办法: (1) 上样时避免反复使用同一支Tip。
(3)如前面建议，如果实验室太多人同时使用一管蛋白Marker, 因为每个人的使用习惯无法控制，建议可以先分成小管，就不会一次污染一整管造成浪费。
2.检查所用凝胶的类型/百分比，凝胶浓度过低可能会导致小分子量条带不能很好分散，反之，则可能会导致高分子量条带不好分散。凝胶电泳体系的影响排查: 如需要排查是marker的原因还是电泳体系的影响，建议可以在同一块胶上进行对比测试，在同一块胶上电泳疑似问题产品和正常产品，看条带是否有差异，以排除凝胶电泳系统的影响。
3.检查蛋白质标准品的有效期，过期产品可能出现褪色或缺失条带
检查蛋白质标准品的储存条件，储存条件不当也会影响标准品中蛋白质的稳定性。
5.确保蛋白质标准品在装入凝胶前未加热/煮沸，该款蛋白Marker为即用型，加热/煮沸可能会导致标准品中的蛋白质降解
6.如遇胶上有、而转膜后消失的话，请检查转膜后滤纸上是否有相应marker条带并调整转印条件。
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