大数跨境

4类PCR增强剂原理及应用

4类PCR增强剂原理及应用 捷倍斯生物
2024-09-06
0
导读:PCR增强剂是可以改善PCR技术的灵敏度、特异性、保真度等的一类添加剂,可以显著改善假阳性、假阴性或无法扩增等情况。当调整循环数、镁离子、引物、dNTP、DNA 聚合酶和 DNA模板浓度等优化方案无法

PCR是分子生物学领域最常用的技术之一,研发人员在进行PCR产品研发的过程中会遇到各种各样的问题,如由于生物样本复杂,或来源于收集、处理样本的过程不当而造成的PCR抑制现象时有发生。

PCR增强剂是可以改善PCR技术的灵敏度、特异性、保真度等的一类添加剂,可以显著改善假阳性、假阴性或无法扩增等情况。当调整循环数、镁离子、引物、dNTP、DNA 聚合酶和 DNA模板浓度等优化方案无法解决问题时,在体系中添加PCR增强剂可以提高含高GC含量或连续多个A/T的复杂基因的PCR扩增效率及扩增特异性,通常在PCR反应体系中添加增效剂。捷倍斯生物可为广大科研人员提供质量高、适用性广的两种PCR增效剂,下面对PCR增强剂的分类及作用进行简单介绍。

PCR增强剂的分类

PCR增强剂的作用

荧光PCR增强剂是解决PCR抑制问题的有效方法。目前已开发出多种荧光PCR增强剂,可有效增加所需PCR产物的产量或减少非特异性扩增。PCR增强剂作用原理各不相同,有着各自独特的适用背景大致可分为以下几类:


一.小分子化合物类PCR增强剂

甜菜碱 Betaine

甜菜碱是一种从甜菜中发现的生物碱别名N,N,N-三甲基甘氨酸,甜菜碱可以通过减少 GC 富集区域导致的二级结构形成来提高富含 GC 的 DNA 序列的 PCR 扩增,并且一般是PCR Kit的“神秘”添加物,是胆碱氧化代谢的终产物,参与甲硫氨酸(蛋氨酸)生物合成路径,是非常重要的渗透调节物质。捷倍斯生物(GBCBIO)提供的甜菜碱可用于分子生物学实验。

甜菜碱的特点

1. 甜菜碱可帮助DNA聚合酶顺利通过DNA某些复杂二级结构,防止DNA聚合酶的从模板DNA中解离。DNA局部区域因含有多个复杂碱基(Py-G-C),会促使DNA聚合酶的停滞,最终导致DNA聚合酶停止有效延伸。而甜菜碱可提高DNA小沟中富含鸟嘌呤和胞嘧啶区域的鸟嘌呤和胞嘧啶的水合作用,影响DNA分子结构,改变DNA灵活性,帮助DNA聚合酶沿着DNA模板延伸。

2. 甜菜碱可消除变性温度对碱基的依赖性。浓度依赖性降低高GC含量序列的Tm,并使PCR两引物的Tm相接近,最终降低DNA Tm值。

3. 高浓度的甜菜碱溶液可稳定DNA-蛋白复合物。

4. 在逆转录温度条件下,甜菜碱可减少RNA二级结构的形成。在甜菜碱和海藻糖联合用于逆转录实验时,甜菜碱减少RNA分子内复杂二级结构的形成,降低RNA溶解温度;海藻糖稳定逆转录酶,保持逆转录酶活性。通过二者联合,确保更长cDNA的合成长度

甜菜碱的应用

1. 可应用于DNA的测序反应实验中,提升含有重复序列(连续多个A或T)的测序精准性。
2. 提升长片段DNA的PCR成功率
3. 适用于复杂模板的PCR扩增,如高GC含量DNA的PCR扩增。
4. 适用于某些粗糙模板的直接测序,如经NaOH溶液裂解的细胞裂解物。
5. 适用于较长cDNA的逆转录反应。

6. 作为LAMP环介导等温扩增的添加剂。

推荐使用的产品
货号 产品名称
K185 甜菜碱 Betaine
K186 盐酸甜菜碱 Betaine, Hydrochloride

产品介绍:http://www.gbcbio.cn/Product/K185.html

海藻糖 D-Trehalose, Dihydrate

海藻糖 Trehalose 海藻糖(Trehalose)是一种双糖,能够在高温、高寒、干燥失水等恶劣的条件下在细胞表面形成特殊的保护膜,有效的保护生物分子结构不被破坏,从而维持生命体的生命过程和生物特征。在PCR体系中添加可保护酶免受血液抑制物的干扰。捷倍斯生物(GBCBIO)提供的海藻糖为海藻糖水合物,分子式为C12H22O11•2H2O,纯度≥98.5%,金属离子含量低,可用于分子生物学实验。

海藻糖的特点

1. 海藻糖具有热稳定性和热激活特性。海藻糖在蛋白热变性过程中可维持蛋白的骨架,保持其天然结构。在分子生物学多种酶促反应中得到验证,如逆转录酶参与的cDNA合成,Dnase I参与的DNA降解,限制性内切酶的酶切反应等。

2. 海藻糖可作为PCR增强剂。通过降低DNA双链融解温度,维持Taq DNA聚合酶稳定性,提高PCR反应效率。

3. 海藻糖可中和抑制剂对DNA聚合酶的抑制作用,维持PCR扩增效率。海藻糖作为GBCBIO Green I法实时荧光定量PCR添加剂,有效降低GBCBIO Green I对PCR的抑制。

4. 海藻糖可作为珍稀样本基因组或极低浓度基因组的保存剂

海藻糖的应用

1. 作为酶稳定剂,维持酶的活性及热活化后的酶活性。
2. 可应用于DNA的测序反应实验中,提升含有重复序列(连续多个A或T)的测序精准性。
3. 复杂模板的PCR扩增,如高GC含量的样本。
4. 适用于较长cDNA的逆转录反应,尤其是全长cDNA的合成,提升文库建立的覆盖度。
5. 微量DNA样品的保存剂。

6. qRT-PCR反应体系添加剂,提升反应性能。

推荐使用的产品
货号 产品名称
T5251 D-海藻糖 D-Trehalose, Dihydrate

产品介绍:http://www.gbcbio.cn/Product/T5251.html

二甲基亚砜(DMSO)

二甲基亚砜(DMSO) DMSO可以降低DNA的二级结构,所以通常在扩增GC含量很高的基因样本的时候都会添加。但是,DMSO 也会大大降低Taq 聚合酶(Taq polymerase)的活性(activity),一般尝试浓度范围为2~10%。分子式为(CH3)2SO,分子量为78.13g/mol。
推荐使用的产品
货号 产品名称
D8418 二甲基亚砜 DMSO Dimethyl Sulfoxide 

产品介绍:http://www.gbcbio.cn/Product/D8418.html

亚精胺 Spermidine

有研究显示,亚精胺表现出显著的抗胆酸盐、尿素和血红素抑制的效果。WAN等的研究结果也显示,亚精胺对PCR有增强作用,其原理是小分子亚精胺通过促进聚合酶、引物和模板的结合来促进 PCR起始复合物的形成,微摩尔浓度的亚精胺可显著增强植物基因组DNA的扩增。

推荐使用的产品
货号 产品名称
S0266 亚精胺 Spermidine

产品介绍:http://www.gbcbio.cn/Product/S0266.html

硫酸铵 Ammonium sulfate

在中药材鉴定中,硫酸铵可以优化引物与模板的特异性结合,提高PCR的特异性。研究结果显示,硫酸铵具有显著的抗尿素抑制作用。

推荐使用的产品
货号 产品名称
A4418 硫酸铵 Ammonium sulfate

产品介绍:http://www.gbcbio.cn/Product/A4418.html

氯化四甲基铵(TMAC)

 氯化四甲基铵(TMAC) 氯化四甲基铵(TMAC)最早被用于在杂交反应中减少DNA/RNA的错配以提高特异性,在PCR反应中,它能够增加PCR反应的效率和提高PCR反应的特异性。特别是在PCR反应中使用简并引物(degenerate primers)时,建议添加TMAC,它常用的使用浓度为15-100mM。分子式为(CH3)4N(Cl),分子量为109.60g/mol。

二.蛋白质类PCR增强剂

牛血清白蛋白 Bovine Serum Albumin (BSA) 

牛血清白蛋白(BSA) Bovine Serum Albumin (BSA) 是由三个同源全 α 结构域组成的 583 个氨基酸的蛋白质,分子量为66.430 kDa。BSA 是一种球状蛋白,可用于多种生物化学实验。BSA中的赖氨酸含量高,可结合核酸提取过程中残留的酚类化合物,保护TaqDNA聚合酶活性,从而起到增强PCR扩增效率的作用。在PCR反应中,BSA 对于减少污染物,例如酚类化合物有一定帮助,通常BSA添加的浓度可达到0.8 mg/ml。
推荐使用的产品
货号 产品名称
0332 牛血清白蛋白  ovine Serum Albumin (BSA)

产品介绍:http://www.gbcbio.cn/Product/0%20332.html

单链DNA结合蛋白(single-stranded DNA-binding protein, SSB)
SSB具有高度的亲和力,能够迅速结合到DNA 的单链上,形成SSB-DNA复合体防止DNA再结合成双链,使螺旋二聚体变得不稳定,促进引物和聚合酶与目标DNA的结合,从而提高PCR的产量。正因如此,SSB蛋白被广泛地用于各种基于PCR技术的PCR、RT-PCR、DNA测序等领域。
三.其他PCR增强剂

非离子洗涤剂 Triton X-100,Tween20,NP-40

非离子性洗涤剂,例如0.1-1% 的Triton X-100, Tween 20 或是NP-40,通常可以降低DNA二级结构。虽然这样可以增加模板基因的扩增,但也会带来非特异性扩增的困扰。所以,这些添加剂对无杂物低产量的PCR反应很管用,但对相对不太纯的PRC反应就没那么好了。非离子性洗涤剂的另外一个好处就是可以减少SDS 污染。通常在DNA提取过程中,SDS会被带到PCR这个步骤,这就大大抑制了聚合酶的活性。所以,反应中加入0.5% 的Tween-20 或是Tween -40 可以中和SDS带来的负面影响。

推荐使用的产品
货号 产品名称
0694 曲拉通X-100 Triton X-100
0777 吐温20 硫酸铵 Tween 20
074385 诺纳德P-40 (润湿剂 P-40 ) NP-40

产品介绍:http://www.gbcbio.cn/Product/74385.html

PEG600和甘油

另有研究结果显示,PEG600和甘油可通过增强酶的热稳定性及保护酶活性来提高PCR产物的产量。

推荐使用的产品
货号 产品名称
0854 甘油 Glycerol

产品介绍:http://www.gbcbio.cn/Product/0854.html


[1]刘文霞,王玮,林松洋,等。不同增强剂对荧光PCR中尿素、血红素和胆酸盐抑制作用消除效果研究[J]检验医学,2022,2(37):155-158

[2] RALSER M,QUERFURTH R,WARNATZ H J,et al. Anefficient and economic enhancer mix for PCR[J]. Biochem Biophys Res Commun,2006,347(3):747-751.

[3] KREADER C A. Relief of amplififififi cation inhibition in PCR with bovine serum albumin or T4 gene 32 protein[J]. Appl Environ Microbiol,1996,62(3):1102-1106 .

[4] SAMARAKOON T,WANG S Y,ALFORD M H. Enhancing PCR amplifification of DNA from recalcitrant plant specimens using a trehalose-based additive[J]. Appl Plant Sci,2013,1(1):apps.1200236.

[5] BOISO L,HEDMAN J. Overcoming sodium dodecyl sulfate induced PCR inhibition[J]. Forensic Sci Int Genet,2017,29:e16-e18.


声明:部分图源网络,侵权联删
整合了网上诸多资料,因此未能一一注明出处。如有侵权,请联系作者删除。
如需转载此文章请注明出处。

品牌优势

GBCBIO --自主品牌--物美价廉-- 服务优质

  广州捷倍斯生物科技有限公司(GBCBIO Technologies)专注于生物试剂与诊断原料的研发、生产与销售,致力于提高国产生物试剂的竞争力。自主品牌----GBCBIO®牌核酸纯化试剂盒、ECL发光液、蛋白定量试剂盒与高端的表面活性剂等已为广大的科研与工业用户所使用,产品达到同类进口品牌的品质,具有物美价廉的特点!

      捷倍斯生物可以提供专业和完善的核酸分离纯化解决方案,有硅胶柱法、磁珠法与溶液直接法的核酸纯化产品,在二代测序的样品前处理方面有着专业的技术与积累,有完善的针对唾液、血液与血浆等样品的保存、运输与高通量核酸纯化等整套的解决方案。    在诊断试剂原料方面,捷倍斯生物可以提供生物染色剂、高端的表面活性剂、显色底物、生物缓冲剂以及酶制剂与其稳定剂等系列产品。

     视质量如生命的我们,以“做值得交往的人,做值得信赖的产品”为信念,期望通过我们努力的能够为您提供优质的产品与贴心的服 务。


公司官网: http://www.gbcbio.cn/      

服务热线: 020-82160415    

公司邮箱 genebase@vip.163.com     

地  址: 广州市番禺区石楼镇清华科技园A4栋502

做值交往的人|做值得信赖的产品

更多科研知识免费福利
请长按二维码关注捷倍斯生物


【声明】内容源于网络
0
0
捷倍斯生物
广州捷倍斯生物专注于生物试剂与诊断原料的研发 生产 销售,致力提高国产生物试剂的竞争力。自主品牌-GBCBIO®牌核酸纯化试剂盒、ECL发光液等高端的表面活性剂等已为广大科研与工业用户所使用,产品达到同类进口品牌的品质,具有物美价廉的特点!
内容 0
粉丝 0
捷倍斯生物 广州捷倍斯生物专注于生物试剂与诊断原料的研发 生产 销售,致力提高国产生物试剂的竞争力。自主品牌-GBCBIO®牌核酸纯化试剂盒、ECL发光液等高端的表面活性剂等已为广大科研与工业用户所使用,产品达到同类进口品牌的品质,具有物美价廉的特点!
总阅读0
粉丝0
内容0