分层过后，新三板市场并不兴奋，不少创新层公司没有停下IPO脚步。流动性是新三板发展的桎梏，而制度改革推进缓慢，市场走向或将继续分化。
据Choice数据显示，在股转系统公布的920家创新层企业名单中，有93家企业进入了上市辅导（2015年1月1日-2016年6月22日，名单见下图），也就是说，创新层中有10%的企业意在沪深市场，当证监会将IPO大门打开，相信这些创新层企业都会毫不犹豫的离去，这对创新层来说是个尴尬的场面。
新三板虽然完成了分层，但尚未触及其根本顽疾——流动性。流动性是指资产变现的能力，包括变现能否完成、完成的时间和对价格的冲击程度。流动性是市场的生命。
投资一个公司的目的并不是想拥有这家公司，而是想获得并兑现投资收益，而流动性就是兑现收益的必要前提，没有流动性投资者就无法兑现，市场就失去了基本的功能和效率。低流动性会带来风险，而高流动性会带来溢价。
常被拿来与新三板对比的纳斯达克，其2015年的换手率为245%，在全球的交易所中排名第三，仅次于上交所和深交所。新三板的对标管理路仍漫漫。
以新三板交投最活跃的联讯证券为例，其市盈率为16.23倍，2016年以来的换手率为110.76%，日均换手率0.97%；A股证券板块的整体市盈率为11.98倍，今年以来的换手率为173.03%。可见当流动性充沛时，新三板公司的估值与A股公司差别不大。
联讯证券PE甚至高于A股证券股的中位数，是因为其体量小成长空间大，其去年净利润同比增长480%，远超所有的A股证券公司。如果以PEG指标进行估值，联讯证券还是处于低估的水平。
早已有不少媒体连篇累牍的将新三板与主板、创业板进行对比，得出新三板在盈利质量、成长性、估值水平等方面完胜的数据，但仍难引起投资者关注。
这种现象是合理的。当投资者在市场上无法及时的、低成本的进行股票交易，那么这种流动性风险将影响投资偏好和资产定价。
投资者喜爱流动性好的资产，厌恶非流动性资产，他们宁愿持有流动性高但不能生息的资产，也不愿持有能够生息但难以变现的资产。当持有流动性较低的资产，交易时需要支付更多的成本，因此会要求更高的预期收益率，作为流动性风险的补偿。
所以，新三板公司估值普遍出现折价，缺乏流动性的价格也只是镜花水月。
分层制度对流动性的影响非常小，因为这没有直接影响到供需，可以看到分层后新三板的成交量并没有明显变化。要有效增加流动性，应从供需端入手，这是治本的手段。一方面应减小供给，如提高挂牌标准，另一方面应增加需求，如降低投资者门槛、引进公募基金。增加做市商也可以增加需求，但只是脉冲式的，做市商拿完股票后没人买也是不流动。此前有传闻称创新层将降低投资者门槛，不过从监管层的思路来看，目前仍是以稳为主，不会出现较激进的制度变革。
此外，为不同的品种设置不同的交易机制可以降低交易障碍，这是治标的手段，例如提供竞价交易，为做市转让的股票提供大宗交易通道等。
因此，新三板一部分物美价廉的优质公司还需习惯于安于一隅，被动的等待幸福来敲门，急需资本运作的公司必将转而谋求IPO，而这种分化未来可能愈演愈烈。
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