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处理方式一
企业存货霉烂损失了100万元，经领导批复，追究仓库保管王五管理不善的责任，公司内部批评，并罚款100元。
请问：
企业损失的这100万元存货，需要做进项税额转出吗？
答复：
因管理不善造成货物霉烂变质，属于非正常损失，需要做进项税额转出13万元。
处理方式二
企业存货损失了100万元，经领导批复，由于属于过期引起的损失，不属于人为原因造成的，不追究仓库保管王五的责任，由公司承担损失并计入当期损益。
请问：
企业损失的这100万元存货，需要做进项税额转出吗？
答复：
属于正常损失，不需要做进项税额转出13万元。
总结
企业同样存货损失了100万元，不同的原因，两种处理结果，竟然相差13万元的增值税款！
参考
《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》
第二十七条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（二）非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、加工修理修配劳务和交通运输服务。
（四）非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
（五）非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
第二十八条规定，非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。
提醒
非正常损失是正列举的，只有2种原因造成的6种情况才属于非正常损失：
1、因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质；
2、因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除
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