在本系列文章《首个兼容组织和血样的 ddPCR MSI 试剂盒正式发布！》中，我们介绍了 MSI 检测的背景和意义，文章《MSI 检测方法对比》中我们分析了 MSI 检测的各方法学对比，文章《MSI 之关注侧重点和仪器配置选择》中我们采访了不同行业的专业人士选择ddPCR MSI Kit的关注点和配置选择。
ddPCR MSI Kit 正式发布前和发布后，已有很多公开数据证明了其优异性能。今天我们节选了部分已发布的真实数据，来一起看下 ddPCR MSI Kit 的表现。
一
在 CRC 患者的组织和血浆样本中显示了与 PCR-CE (Promega) 的良好一致性[1]
美国 Biodesix 实验室收集了10个结直肠癌 (CRC) FFPE 组织样本、52个 CRC 液体活检样本和10个正常健康供体 (NHD) 样本，从中提取 DNA 后，按照每孔2.6ng 的上样量用 ddPCR MSI 试剂盒进行检测，与使用 PCR-CE 方法的 Promega Panel PCR assay (Promega) 结果进行对比。
结果1：组织样本结果一致率为100%
从组织样本中抽提好 DNA 后，进行盲测，与之前已有的 Promega 结果对比，MSS 和 MSI 的结果完全一致↓。
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ddPCR MSI 试剂盒检测了 (A) BAT26 和 BAT25 (Channels 1 and 2, respectively), (B) NR24 和 NR21 (Channels 1 and 2, respectively), 以及(C) Mono27。典型的FFPE样本 ddPCR 二维图如下↓，簇比较分散是由于 DNA 样本的高度碎片化。自动化软件足以完成正确划分和解读。
结果2：血液样本结果一致率为87.5%
52个 CRC 血液样本中，其中8例有配对组织的 Promega 测试结果。这8例血液样本经 ddPCR MSI 试剂盒测试后，一致率为87.5% ↓。
*P7 的 DNA input 较低 (实际上样 0.53ng)，这可能解释了该 ddPCR 结果的不一致
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ddPCR MSI 试剂盒检测血液样本的典型 ddPCR 二维图如下↓。注意，A 和 B 中额外的野生型簇(橙色)使分析复杂化，可能是由于异质等位基因的存在。这些复杂的分型可能需要专家复核或额外的测试/优化。
结果3：剩余44个血液样本和10个 NHD 样本没有对照结果，检测后如预测所示，表现出不同的 MSS 和 MSI 的结果。
二
ddPCR 是检测 GEA 患者 cfDNA 中 MSI 的最可靠和最有前途的分子方法[2]
来自意大利 Veneto 肿瘤研究所的研究者们使用 Promega assay 检测了86例胃食管腺癌（GEA）病人的 FFPE 样本，与 IHC 结果相比一致率为100%，但在测 cfDNA 样本时全为阴性。为了寻找能在液体活检样本上检测 MSI 的方法，研究者们使用模拟 cfDNA 样本和真实 cfDNA 样本，比较了 Promega 方法，qPCR 方法和 ddPCR 方法的性能。
结果1：
将从 MSI FFPE 组织中抽提的 DNA 使用正常组织 DNA 进行梯度稀释，最多稀释到1:1024，分别用 Promega 方法 (MSI Analysis System Version 1.2)，qPCR 方法（EasyPGX Ready MSI）和 MSI ddPCR Assay 进行检测，只有 MSI ddPCR Assay 可以检测低至0.2%肿瘤 DNA 占比的 ctDNA↓。
结果2：
使用 MSI ddPCR Assay 检测35例前瞻性 GEA 病人的样本，其中2例 T3/T4 期病人表现为 MSI-H，组织和血液结果一致。血液样本结果如下↓。
结果3：
使用 MSI ddPCR Assay 进行病情追踪，手术前即刻和术后12月的结果显示，2例 MSI 阳性的病人手术12个月后病情均未复发 (disease-free)↓。其中 GP06 和 GP26 为 T3/T4 期病人。
三
在大量 CRC 患者的组织和血浆样本中显示了与 PCR-CE (Promega) 和 IHC 的良好一致性[3]
法国国家癌症研究所的研究者们收集了大量 CRC 患者的组织和血浆样本，包括102例组织样本（其中96例为新鲜冰冻组织），129例血浆和其配对组织样本，以及20例单独的血浆样本，来验证 MSI ddPCR Assay 和配套自动化分析软件的性能。
结果1：
在102例组织样本中，ddPCR MSI 和 Promega MSI 分析系统在肿瘤组织样本上的一致性为 97.1% (99/102)↓。在这3个不一致的病例中，其中1个样本的5个 marker 中有1个不稳定，表明 MSI 状态改变处于阈值附近，另外2个可能是由于低肿瘤含量。
研究者们确定 ddPCR 可以准确地测定 MSI-H 状态，只需 1ng 的 DNA。
结果2：
129例血浆和其配对组织样本的结果显示一致率为96.8%↓，证明了 ddPCR MSI 试剂盒直接测定 cfDNA 中 MSI 状态的效率。在四个不一致的病例中，有一个样本的 cfDNA 水平非常低。
综合来看，MSI ddPCR Assay 和配套自动化分析软件在组织样本上的表现比肩目前 MSI 检测的金标准 PCR-CE 法，同时分析一键完成，结果解读比 PCR-CE 法更简便；能够检测液体活检样本，表现出与配套组织样本非常高的一致性，为肿瘤预后和复发监测提供了解决方案。
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1. Kreston, S. et. al. (2023). Development of new droplet digital PCR method for MSI assessment with automated analysis pipeline shows concordance in FFPE and plasma. AACR ‘23 Poster Abstract 4339.
2. Boldrin, E.; Piano, M.A.; Alfieri, R.; Mazza, M.; Vassallo, L.; Scapinello, A.; Pilati, P.; Curtarello, M. MSI Analysis in Solid and Liquid Biopsies of Gastroesophageal Adenocarcinoma Patients: A Molecular Approach. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 7244.
3. Evrard, C. et. al. (2023). Detection of Microsatellite Instability in Colorectal Cancer Tissue and Plasma samples using a new Multiplex Droplet Digital PCR kit. ISMRC 2023 Poster.
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* 本产品仅用于科研用途，不用于临床诊断。