新客运口岸新联检大楼设有6个境外泊位、4个内贸泊位和2个维修泊位，计划近期开通香港市区、香港机场和澳门机场航线，未来或谋划开通深圳机场、深圳蛇口、海岛游、休闲观光游、低空飞行等航线。现代化的联检大楼未来将实现客运、文旅和公务等综合性功能于一体，预计最大客流量为每年300万人次。