一般食品厂净化厂房大致可分为三个区域：一般工作区、准净化区和净化工作区。
一般作业区（非洁净区）：原材料、成品及工具的一般储存区、包装物的转运区和其他原材料、成品暴露风险较低的区域，如包装间、原材料仓库、包装物战争等。仓库、包装车间、成品仓库等。
准洁净区：需要加工原料的区域、包装间、缓冲间（拆包间）、一般生产加工间、非即食食品内包装间，但不得直接暴露。
净化工作区：指对卫生环境的较高要求，对人员和环境的高要求，只有通过消毒、更衣才能进入，如原材料、成品裸加工区、食品冷加工室、冷藏室等。即食食品储藏室、即食食品储藏室、即食食品内包装室等。
有洁净厂房的食品厂应尽量减少污染源的产生、交叉污染、混用和选址、设计、布局、施工、改造中的差错。工厂环境清洁，人流、物流合理。应采取适当的访问控制措施，防止未经授权的人员进入。