大麻组织富含多酚，因此使用PVP（聚乙烯吡咯烷酮）和BME（β-巯基乙醇）等还原剂至关重要。由于大麻素合成酶等重要基因高度重复，并由大量重复区域分隔，因此需要长读测序以高保真地解析其结构。
Oxford Nanopore和PacBio等长读测序技术需要非常长且非常纯净的DNA。因为小片段在测序中会被优先读取，所以限制它们的存在以增加下游的连续性很重要。植物细胞被包裹在细胞壁中，通常80%是液泡。对大麻细胞核进行分离可去除了大量核酸酶和其他在水解时会攻击DNA的成分。
Precellys Evolution研磨器成功应用于从大麻植株细胞中分离细胞核，并获得与NGS长读测序技术兼容的高分子量DNA。
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