常见的点靶方法主要有干滴法、薄层法和双层法等。干滴法通常先将样品与基质按设定比例充分混合后，点在靶板上。薄层法一般先将基质点在靶板上，待基质干燥结晶后，再将样品点于基质层上；也有分析要求先点样品，干燥后再点基质。而双层法则一般先将基质点在靶板上，干燥结晶后形成基质薄层，然后再取按设定比例充分混合的基质样品混合物滴于基质薄层上。有些分析还要求添加甲酸溶液处理步骤。点靶的体积大多为1uL左右，而且通常要求吸头不接触靶板点样。人工操作不但费时费力，而且容易出错。
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