秦山核电应急控制中心是应急指挥部在应急期间举行会议及进行指挥的重要场所，可实时获取电厂重要安全参数、环境辐射监测和气象观测数据，发送到场外有关应急组织；配置先进的应急决策支持系统与严重事故管理系统，具备应急决策、应急指挥、应急辅助决策、应急通讯、事故后果评价、信息发布等功能。
为满足秦山核电9 台机组应急准备需求，加强核事故应急响应能力建设，秦山核电构建了统一的应急管理体系，以高标准建设了新应急控制中心，为提升秦山核电应急响应能力奠定了基础。秦山核电新应急中心于2012 年6 月开工建设，2013 年9 月18日正式投入使用。该中心按照较高的抗震和防水淹等级进行设计和建设，配置齐全，功能强大，辅助指挥决策支持系统信息化水平较高，能同时获取秦山核电9台机组状态实时显示参数、13个固定环境辐射监测站数据、2个气象铁塔、6 个地面气象站实时观测数据，建立了与各机组主控室、副控室及各电厂运行支持中心、场外应急组织（国家核安全局、国家应急办、浙江省应急办、中核集团、中国核电）等单位和部门的通信联络手段，并可实时传输核电厂安全重要参数至有关部门。
秦山核电应急中心是福岛核事故后国内第一个投运的软硬件功能齐全、装备完善、信息化水平较高的应急响应设施，为国内核电同行应急基础能力的建设提供了示范，国家有关部门拟将秦山核电应急控制中心作为国内应急控制中心的建设标杆向业界推广。
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