2013年3月，一条从北京传来的消息，让秦山地区多年来苦心孤诣致力于核电站回收铀在重水堆上应用的项目团队振奋不已：在国家发改委下达的2013年能源自主创新及重点产业振兴和技术改造（能源装备）项目中央预算内投资计划中，“压水堆回收铀在商用重水堆全堆应用项目”作为国家能源自主创新项目，将获得中央预算内投资补助。这是秦山三期核电站在确保安全的基础上，寻求新突破的一个范例。
其实，自建设初期开始，秦山三期核电站就坚持改进创新，持续提升技术水平，确保机组稳定运行，拓展重水堆发展的新空间。
在工程建设阶段，秦山三期核电站就已完成99 项设计变更，包括52项技术改进，其中21项变更和技术改进是在重水堆核电机组中首次实施和采用，使核电站的设计达到了国际先进水平, 为机组安全稳定运行打下坚实基础。进入生产运营期后，针对机组运行状况，秦山三期核电站在消化和吸收相关技术的基础上，坚持自主科技创新，不断进行系统和设备的技术改进，先后组织实施电源系统、停堆数据采集系统、通风制冷系统等一系列重大技术改进；严格落实福岛核事故后安全整改，完成重要安全厂房增设挡水墙的改造、增设非能动消氢装置、完成可移动式电源接入等重要项目，及时解决了影响机组安全运行的关键问题，提高了核电站系统和设备的可靠性。
除此之外，在确保机组安全的基础上，秦山三期核电站还成功对电站两台机组汽轮发电机组出力分别提升8兆瓦，在不需增加任何投入的情况下每年可增加发电量1.2亿千瓦时，成为对国外技术消化吸收再创新的成功范例。重视技术创新管理，建立了技术创新激励机制，产生了一批“方形冰塞夹套”、“汽机盘车增力装置”等具有自主知识产权的技术成果，先后荣获多项国家专利。
秦山三期根据冷却水系统的运行工况、水质特点，研发了一种适用重水堆机组常规岛部分14个冷却水系统的钼系复合缓蚀剂，大大降低腐蚀速率，系统内的总铁和悬浮物指标维持在较低的水平。该技术不仅适用于重水堆核电站，也同样适用于其他核电站和常规电厂。
在持续提升机组运行性能的同时，秦山三期核电站更加注重创新挖潜，充分发挥重水堆优势，积极寻求科研产业新突破，开展钴-60生产等科研项目，促进我国核技术应用产业的发展。2010年5月27日，秦山三期核电站在国内首次成功实现批量生产工业钴-60，打破了国外对工业钴-60放射源的长期垄断，填补了国内空白。秦山三核两台机组可年产钴-60约700万居里，不仅能够全部满足国内需要，并且已成功进入国际市场。重水堆技术性能带来的这些优势，可大幅度降低单位造价和发电成本，从根本上提高核电在经济性、环保性方面的竞争力，符合科学发展观及建设和谐社会的总体要求，作为独立技术路线将为核电更大规模的发展创造有利条件。秦山三期在持续提升机组运行性能的同时，更加注重创新挖潜，充分发挥重水堆优势，在核电大家庭中发挥更大的作用，为构建资源节约型、环境友好型社会发挥更加重要的作用。
2017年3月7日，国家核安全局正式发文批准秦山第三核电厂增加医用钴调节棒的修改申请，这标志着我国的大批量生产医用钴-60已有“准生”证明。2017年4月15日，随着银色的医用钴调节棒徐徐插入秦山三期1号机组堆芯上方的小孔，我国首批医用钴-60正式投入生产。这不仅标志着中核集团“龙腾2020”科技创新计划项目“医用钴-60放射源工业化生产技术研究”重要里程碑节点如期实现，填补了我国医用钴-60生产的技术空白，还将结束我国长期依赖进口的历史。秦山核电两台重水堆每年可预期向市场提供至少50万居里医用钴-60，不仅能够促进相关产业的发展，还能推动国产伽玛刀设备进入国际市场，市场前景广阔，具有良好的经济效益和社会效益。
