【单细胞测序】Nat Commun（2023 IF：16.6）| 单细胞分析揭示儿童急性髓系白血病微环境

作者对Dx骨髓样本中的non-blast细胞进行了重点分析。non-blast细胞重新分群注释(图4a,b)。Dx复发和CCR相关样本中免疫细胞有明显的差别，特别是T细胞和单核/巨噬细胞(图4a)。对Dx的T细胞群的分析结果显示，有11种不同的T细胞亚群(图4c)。不同患者的AML-blast细胞在幼稚和激活T细胞亚群转录水平上有明显的差异(图4d)。复发和CCR相关样本在T细胞亚群中的分布有差异，说明与复发和CCR相关的T细胞亚群中存在转录组差异(图4d)，对复发和CCR相关样本进行比较，复发样本中的T细胞百分比明显更高(图4e)。对耗竭T细胞进行ssGSEA分析，与CCR相关样本相比，复发样本的耗竭T细胞得分更高(图4e)。

作者在Dx样本的non-blast细胞中注释到3个单核/巨噬细胞群(图5a)。与CCR相关样本分布在1和2群，与复发相关的样本分布在6群(图5a)。白血病髓系标记物(ITGAM、ANPEP、CD33)的低表达证实了3个单核/巨噬细胞群为非白血病性质的细胞群。利用M1巨噬细胞基因集(S100A8、S100A9、S100A12、TYROBP、VCAN、CD68、MNDA、CyBB、STAT1)进行ssGSEA富集分析，与复发相关的样本相比，CCR相关样本中M1巨噬细胞显著增多(图5b)。总而言之，Dx相关样本中富含炎性M1巨噬细胞，与CCR相关的样本中据有丰富未成熟的单核细胞群。

图5. CCR样本中炎性单核/巨噬细胞的富集分析

EOI治疗后blast细胞的特征

图6. 治疗后EOI样本中residual blasts的scRNA-seq分析

复发相关的EOI样本显示T细胞增多和单核/巨噬细胞减少

为了分析EOI样本中的non-blast细胞，作者从Dx和EOI数据集中选择了仅来自EOI的细胞(15,070)，并重新分群注释(图7a)。CCR复发相关样本的non-blast细胞群中，免疫细胞(T细胞、NK细胞和巨噬细胞/单核细胞)的分布发生了变化(图7a)。在EOI上，CCR相关的non-blast细胞结果显示T细胞的比例较多，CCR相关样本中单核细胞/巨噬细胞的比例较高(图7b，c)。对M1和M2巨噬细胞进行ssGSEA分析，EOI样本中CCR相关的炎性M1巨噬细胞显著聚集，而在复发相关的EOI样本中，M2巨噬细胞显著聚集(图7d)。T细胞分为三个群，即naive T cell-1、naive T cell-2和NK/T细胞群(图7a)，naive T cell-2细胞群在复发相关的EOI样本中有更高丰度(图7e)。通过比较这两种T细胞，发现naive T cell-2中包括HLA-A和HLA-B在内的MHC-I类基因表达较低。对naive T cell-2进行通路分析发现与Th1、Th2、钙诱导的T细胞凋亡、T辅助细胞中的CD28信号通路均下调(图7f)。