三篇重磅
著名科学杂志Nature《自然》近期发布了三篇文章，展示了Olink Explore平台在推动大规模人群蛋白质组学研究方面的强大能力，这三篇发表于Nature杂志的重量级研究均使用了UKB-PPP产生的数据，其中13家国际生物制药公司通过访问英国生物库生成了新的蛋白质组学数据。
安进制药旗下deCODE Genetics和冰岛大学联合团队发表的题为Large-scale plasma proteomics comparisons through genetics and disease associations的最新研究成果，作为三篇Nature重磅之一的开创性文章，提供了迄今全球范围内最大规模的基于不同蛋白质组学平台检测数据的对比分析，为科学家们提供了更全面蛋白质组学视角，研究遗传学与疾病表型的关联。
Nature 杂志官网三篇重磅文章截图
精读解析
高通量蛋白质组学平台能够测量血浆中数千种蛋白质，将结果结合基因组和疾病表型信息，可以弥补基因组与疾病间的差距。deCODE团队的研究人员对UKB-PPP项目中5万多人样本，包括46,218 个英国或爱尔兰血统个体（UKB-BI）、953 个南亚血统个体（UKB-SA）和 1,513 个非洲血统个体的血浆样本，通过 Olink Explore 3072 血浆蛋白组学平台进行了2,931种蛋白的关联研究，并将研究结果与 36,000 名冰岛人的SomaScan v4血浆蛋白组（4,719种蛋白）研究结果进行了比较，其中 1,514 人也有Olink 数据。
蛋白质组学分析数据集
亮点成果
CV 和 CV比值
单独检测的蛋白质水平（左：重复性对比；右：两个平台的相关性）
蛋白质与表型间关联
研究人员使用Bonferroni调整法对蛋白质与表型的关联进行了多重检验，并对每个平台的蛋白数进行了调整。随后，研究人员以心力衰竭、阿尔茨海默症和炎症性肠病（包括克罗恩病和溃疡性结肠炎）为例，比较了使用这两种平台测量的蛋白质水平之间的关联。
对心力衰竭（冰岛 n = 1,369 例，UKB n = 676 例），两种平台的利钠肽B（BNP）表现出了最显著的相关性，与循环BNP水平与心力衰竭的相关性一致，而某些其他蛋白结果则不一致。对阿尔茨海默症（冰岛 n = 389 例，UKB n = 224 例），神经丝蛋白（NFL）在两个平台都被发现与该疾病密切相关，但方向相反。两个平台NFL的Spearman 相关性很低（r = 0.06）。之前有报道称脑脊液和血液中NFL 含量高与晚期阿尔茨海默症有关，该结果与 Olink 上NFL检测结果一致，且该报道中使用Olink平台的检测结果与另一种基于亲和的检测方法（Simoa）结果具有很强的相关性，而使用SomaScan平台检测的NFL水平与Simoa的检测结果则无相关性。对炎症性肠病，两个平台上都检出前列腺素-H2 D异构酶（由PTGDS编码）与该疾病最相关，并且在两个平台上都发现了PTGDS的cis-pQTL。虽然两个平台测量的一些蛋白质水平与炎症性肠病显著相关（如 CXCL11 和 REG3A），但一些相关性在两组之间并不重复（如IL-6、MMP12 和 CLPS）。值得注意的是，炎症性肠病 与Olink 测定的CXCL9 水平显著相关，但SomaScan 的两个CXCL9蛋白中，却只有一种显著相关。
pQTL检测比较
在Olink Explore 3072和Somascan v4平台上检测到的pQTL总结
总结
1. Eldjarn GH,et al. Large-scale plasma proteomics comparisons through genetics and disease associations. Nature. 2023 Oct;622(7982):348-358.
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